基因编辑新工具 | SpliceR-利用碱基编辑器（BE）靶向剪接位点比iSTOP更有效的基因敲除策略!
以下文章来源于植物生物技术Pbj ，作者宇
本公众号致力于生物技术领域重要进展的推介，由 Plant Biotech. Journal杂志（2022年影响因子13.8，植物学研究型Top3 期刊）官方授权，华中农业大学为运营主体，PBJ杂志执行主编-华中农大金双侠教授担任总编辑
碱基编辑器（BE）允许精确的核苷酸编辑，而不产生DNA双链断裂。以前的工作已经使用BE通过引入提前终止密码子（iSTOP）或通过扰乱保守的剪接位点来敲除基因，但这些方法之间没有进行直接的比较。
2020年4月18日，美国明尼苏达大学Branden S. Moriarity组在预印本bioRxiv发文，开发了程序剪接器(z .umn.edu/spliceR)来设计CBE和ABE的剪接位点靶向指南（1）。此外还比较了剪接位点靶向和iSTOP这两种方法在原代人类T细胞中的影响。结果表明：1)CBE比ABE在剪接位点定位敲除方面更可靠；2)对于CBE和ABE两者，靶向剪接供体位点都是碱基编辑诱导敲除最可靠的方法。总之，本研究首次提出靶向剪接位点或许是比iSTOP更有效的基因破坏策略，开发的SpliceR网站也为设计利用BE靶向剪接位点提供了新工具。
作者还使用了STARR-seq实验中的片段库，在提取mRNA之前将植物保存在黑暗中，以测试AB80、Cab-1和rbcS-E9增强子光依赖性。他们观察到富集的预期变化，AB80和Cab-1增强子在缺光植物中活性较低，而rbcS-E9增强子在缺光植物中活性较高。他们的结论是，本研究中建立的STARR-seq分析可以以特定条件的方式识别增强子。
值得一提的是，Branden S. Moriarity组在BE方向上做过一些非常不错的工作。2018年6月，在CRISPR J开发EditR工具（2），利用桑格测序数据就能评估BE的编辑效率，目前在BE领域已经得到广泛应用；2019年11月，在NC发文将BE技术应用于支持异基因CAR-T平台的原代人T细胞的多重基因修饰，并证明BE可以在最小双链断裂诱导的情况下介导高效的多重基因突变（3）。
原文链接：
1. https://doi.org/10.1101/2020.04.16.045336
2.https://doi.org/10.1089/crispr.2018.0014
3. https://www.nature.com/articles/s41467-019-13007-6
植物科学最前沿，专注于植物科学前沿进展、资讯、招聘信息的发布及方法软件共享等。投稿及招聘请后台回复“投稿”，均为无偿；商务合作请联系微信ID：zwkxqy ；