浙大绘制首个地球微生物“社会关系”网络

科技工作者之家 2020-06-17

来源:中国生物技术网

单个微生物看不见、摸不着,但却无时不在、无处不在。但微生物的功能绝非“分解者”这么简单,影响到温室气体的、绿色生产的、人体健康的方方面面,其群落组成和功能具有极高的复杂性。如何更好认识微生物的特性,过去科研人员常常在微观尺度挖掘其具体特性,但有时如同盲人摸象,只能看到局部。就像人类社会,光是知道一个人叫什么名字,是无法了解人类社会的全貌,要知道人与人之间的关系才能更好描述。近日,浙江大学徐建明教授团队通过分析地球微生物组计划(Earth Microbiome Project)大数据,构建了全球微生物共存网络,通过对其“社会关系”的分析,首次揭示了地球多种环境中微生物组间的互联模式。这项研究近日发表在微生物领域顶级期刊《微生物组》(Microbiome),浙江大学环境与资源学院马斌研究员为该论文的第一作者,徐建明教授为通讯作者,浙江大学为第一和通讯作者单位。

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图1. 地球微生物组共存网络 (a) 及不同环境中的亚网络 (b)用大数据“筛出”微生物之间的交互作用食物网通过捕食和被捕食关系建立起来的生物相互作用网,类似地,在微生物群落中,不同微生物间存在着共生、寄生、捕食和竞争等相互作用形式。厘清不同生态系统中微生物的复杂交互作用关系,具有两大挑战。一是超过95%的微生物无法人工培养,进而无法通过实验法一一甄别;二是上万种微生物之间存在几亿对相互关系,面对这样的海量数据根本无法通过传统的实验开展研究。与此同时采用统一采样、测序、分析的全球最大标准化环境微生物组数据库的建立,为中外科学家研究确定了丰富的数据资源。浙大科研人员通过构建微生物生态网络算法建立一个“筛子”,筛出微生物之间的交互作用。科研人员从大数据中找到微生物之间的规律,并通过这种规律构建起一套统计模型进而筛出相互规律。由此,徐建明团队通过综合分析全球多种生存环境(土壤、植物、动物、水体等)中的微生物组数据,构建了全球微生物共存网络。“通过这张网络,我们对微生物的关系能够更看清,为进一步理解运行机制提供了前提。”没有微生物 “社会”是一座孤岛随着同一个生态系统内微生物关系的明确,浙大科研人员进一步研究跨界的互联表征。他们发现相同关系越多,连线越粗,也意味着有共同的相互作用。这就反应出不同生态系统之间,微生物关系与交往。“这项研究告诉我们要从系统角度认识事物,加深了对地球微生物重要性和多样性的认识。”徐建明介绍,整体社会关系网络的相似性,反应潜在的交流的强度。土壤和淡水的关系,比土壤和咸水的关系要大。这很大程度上在于水的循环作用和影响程度。地球微生物组中不同生境中的微生物组都有紧密联系,并可依据关联特征可划分为不同的子网络。根据子网络间的相似性,可进一步将子网络分成两组。值得注意的是,土壤微生物组与动物表面、动物肠道和淡水微生物组有密切关系,而植物、动物体表的微生物是连接两组子网络的桥梁。马斌说,所有的微生物是相互关联的,不能割裂开来去理解。例如要知道肠道微生物组,其实也要研究环境对其的影响。“如果只是从微生物群落组成的角度进行研究,有时候常常不能真正认识微生物组运行的内在机制。”

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图2. 地球微生物组的互联特征合作者包括美国加州大学圣迭戈分校的Jack A. Gilbert教授和Rob Knight教授、美国太平洋西北国家实验室研究员Janet K. Jansson、比利时鲁汶大学Karoline Faust教授等。该研究得到了国家自然科学基金创新研究群体项目(41721001)、中央高校基本科研业务费专项资金等项目的资助。

论文链接:

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00857-2

来源:biotech-china 中国生物技术网

原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5ODU5NDgyMg==&mid=2653950258&idx=2&sn=87c211995a4d1b810513073d8dc0b365&chksm=bd0ce15b8a7b684df16e6f5a822bc7291c8fe4777153884391634815ce7ff2ab389b3c8c62b5&scene=27#wechat_redirect

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