抗日战争及解放战争期间受影响，学会活动陷于停顿。1945年学会自重庆迁回南京后，于1947年11月在南京励志社（今江苏省会议中心、南京中山东路307招待所）与中华农学会、中华昆虫学会联合召开了一次学术年会。

新中国成立后，1952年11月江苏的植物病理学者们成立了中国植物病理学会南京分会，会员分布在南京、南通、扬州等地，附近安徽省芜湖、合肥等地的会员亦参加南京分会开展的活动。

1959年底，省科联、省科普合并成立省科协，各学会组织也随之作了相应的调整。中国植物病理学会南京分会于1960年2月27日正式更名为江苏省植物病理学会，挂靠在中国农业科学院江苏分院（今江苏省农业科学院）。第一届理事会理事长是南京农学院（今南京农业大学）的魏景超教授。学会在此期间举办了江苏省植物保护函授专修班、中学生物教师专题讲座等，为培养人才尽心出力；编写科普小丛书，撰写报刊、电台宣传文章以及各种学科专著，为科普宣传尽力尽责；结合形势任务，提出了“江苏省植病防治研究工作十年规划的意见”“关于我省植保工作的意见和建议”“关于江苏省农作物病虫害发生趋势估计与防治对策的建议”等，为政府部门开展咨询决策服务。

多年来，江苏的植物病理学科研人员发表了大批高水平的学术论文，荣获了众多国家级成果奖，为“863”高新技术的发展做出了贡献。为促进农村的改革开放和经济产业结构的调整，学会深入农村，举办了多期果树病虫防治培训班。在省科协的支持下，编印了《果树病虫害的综合治理》《水稻三大病害防治》《棉花九大病虫防治》等科普小册子和幻灯片，为农村培训了大批技术骨干。

江苏省植物病理学会自成立以来，始终将农、林、桑等植物病害问题作为工作的重点，从学会的性质与任务出发，面向全社会培养骨干，以带动全民科学素质的提高；面向科技队伍，培训专业人才，帮助他们学习高新科技实现知识更新，为本学科的发展领航指路。江苏省植物病理学会这一科学社团在新形势下将在江苏农业经济发展中做出更大贡献，在社会和政府的支持下学会自身也将在改革中得到新的发展，向更高的目标迈进。