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科技工作者之家 2019-11-01
来源:植物科学最前沿
10月31日,由广西农业科学院蔬菜研究所王益奎研究员领衔的研究团队,于BioRxiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该基因组采用了当下最先进的基因组测序与组装技术,堪称茄科植物中最连续的基因组,标志着茄子基因组研究迈入了高清时代。
茄子(Solanum melongena L.)是茄科最重要的作物之一,在茄属植物中产量和经济价值居第三位。本次公布的茄子参考基因组,Contig N50达到了5.3Mb, Scaffold N50 更是达到了93.9 Mb,序列总长度1155.8 Mb是迄今最连续的茄子基因组。研究团队采用PacBio测序技术,结合Dovetail Hi-C建库技术与HiRise组装算法,成功获得了染色体级别的连续基因组,将对茄子的基因组学研究产生深远的影响。
“之前来自日本和意大利的团队,发表了以二代测序技术为主茄子参考基因组。这次我们采用最新的三代测序技术和Hi-C技术,在组装质量和连续性上远远高于国外研究团队的基因组版本”项目负责人王益奎研究员说到,“以最近意大利团队发表的茄子基因组为例,其Contig N50 为16.7Kb, 而我们的基因组版本Contig N50达到了5.3Mb, 连续性提高了300多倍”。
通过比较基因组学分析发现,茄子物种特异的646个基因家族和364个阳性选择基因(Positive selection genes),赋予了茄子特有的性状。研究团队进行了抗病基因的全基因组鉴定,发现在茄子和辣椒中有一个扩张的细菌斑点抗性基因家族,而在番茄和马铃薯中没有。此外研究团队发现在茄子、番茄和马铃薯基因组中,多酚氧化酶基因的染色体分布模式高度相似。高质量的茄子参考基因组序列不仅有利于茄科植物的进化研究,更为茄科植物的选育和改良提供了便利。
原文链接:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/824540v1
来源:frontiersin 植物科学最前沿
原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyOTY2NDYyNQ==&mid=2247493128&idx=1&sn=091f764cb5aa9509cc6cca356dbb250b&chksm=e8bd9416dfca1d003ef45865395a6aa31a57da9d2e9acebc8cacdbd1886ece69b3f30515f4ff&scene=27#wechat_redirect
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