有望极大拓展小RNA研究领域,华人联合团队带来全新工具

科技工作者之家 04月06日

今日,一支由华人学者主导的研究团队在《自然-细胞生物学》发表了一篇最新论文,有望帮助找到大量先前未经发现的小RNA分子,扩展我们在这一领域的认知。

20210408035728_88499c.jpg

RNA分子在生命进程中扮演了重要的角色。它们不仅是遗传信息的重要载体,是DNA与蛋白质之间的桥梁,还以多种小RNA的形式对基因表达等多种生物学进程进行调控。为了理解这些小RNA的功能,科学家们开发出了高通量的RNA测序(RNA-seq)技术,发现了大量非编码的小RNA。然而,这些结果往往具有一定的偏倚。这是因为许多RNA分子上会有各种修饰,而这些修饰会影响RNA测序的进行。

比如说,一些RNA上的修饰会影响接头与RNA的连接,以及后续的逆转录过程。因此带有这些修饰的RNA都无法通过常规的RNA测序检测到。为了解决这一问题,研究人员们开发了一种全新的RNA测序技术,将其称为PANDORA-seq。这种技术使用一系列酶的组合处理,去除RNA上的一些影响测序技术的关键修饰,再进行对RNA的测序分析。

20210408035728_8e9c28.jpg

本研究的负责人之一Qi Chen教授(图片来源:Chen lab, UC Riverside)

“PANDORA-seq有望得到广泛应用,用于了解小RNA在不同生理和疾病状况下的作用,以及发现关键的小RNA分子,”本研究的负责人之一Qi Chen教授说道,“经修饰的小RNA就像穿了‘隐身斗篷’,让它们无法通过传统RNA测序方式获得。有多少经过修饰的RNA?它们的来源是什么?它们的生物学功能呢?这些都是PANDORA-seq能够回答的问题。”

先前,哺乳动物里被研究最充分的小RNA是微RNA(microRNAs)和piRNA。而PANDORA-seq则找到了大量转运RNA衍生的小RNA(tsRNAs)与核糖体RNA衍生的小RNA(rsRNAs),这些在过去都没有得到检测。在小鼠中,这些小RNA展现出了组织特异的表达模式。此外,这些小RNA的水平在体细胞诱导成为干细胞的过程中也会有所下降,表明它们在细胞分化中可能有着独特的功能。

20210408035729_94e2a1.jpg

▲相较传统技术,PANDORA-seq(右)有望找到更多RNA的奥秘(图片来源:Chen lab, UC Riverside)

“PANDORA-seq打开了小RNA的潘多拉魔盒。”本研究的另一位通讯作者Tong Zhou教授说道。

Qi Chen教授在一篇新闻稿中提到,科学研究就像是盲人摸象,只有获得所有不同部分的信息,组合到一块,才能看见全貌。而这些新开发的技术,正是推动我们知识边界,发现真理的利器。我们祝贺这篇论文得到发表,也期待这项工具能为我们带来更多关于生命的洞见。

参考资料:

[1] Shi, J., Zhang, Y., Tan, D. et al. PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications. Nat Cell Biol (2021). https://doi.org/10.1038/s41556-021-00652-7

[2] New method expands the world of small RNAs, Retrieved April 5, 2021, from https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-04/uoc--nme040521.php

来源:学术经纬

原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MDQzNjY2OA==&mid=2247506647&idx=2&sn=0a28fca5fd381b2feaec422174c4c0ca

版权声明:除非特别注明,本站所载内容来源于互联网、微信公众号等公开渠道,不代表本站观点,仅供参考、交流、公益传播之目的。转载的稿件版权归原作者或机构所有,如有侵权,请联系删除。

电话:(010)86409582

邮箱:kejie@scimall.org.cn

测序 RNA

推荐资讯