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今日，一支由华人学者主导的研究团队在《自然-细胞生物学》发表了一篇最新论文，有望帮助找到大量先前未经发现的小RNA分子，扩展我们在这一领域的认知。
RNA分子在生命进程中扮演了重要的角色。它们不仅是遗传信息的重要载体，是DNA与蛋白质之间的桥梁，还以多种小RNA的形式对基因表达等多种生物学进程进行调控。为了理解这些小RNA的功能，科学家们开发出了高通量的RNA测序（RNA-seq）技术，发现了大量非编码的小RNA。然而，这些结果往往具有一定的偏倚。这是因为许多RNA分子上会有各种修饰，而这些修饰会影响RNA测序的进行。
比如说，一些RNA上的修饰会影响接头与RNA的连接，以及后续的逆转录过程。因此带有这些修饰的RNA都无法通过常规的RNA测序检测到。为了解决这一问题，研究人员们开发了一种全新的RNA测序技术，将其称为PANDORA-seq。这种技术使用一系列酶的组合处理，去除RNA上的一些影响测序技术的关键修饰，再进行对RNA的测序分析。
▲本研究的负责人之一Qi Chen教授（图片来源：Chen lab, UC Riverside）
“PANDORA-seq有望得到广泛应用，用于了解小RNA在不同生理和疾病状况下的作用，以及发现关键的小RNA分子，”本研究的负责人之一Qi Chen教授说道，“经修饰的小RNA就像穿了‘隐身斗篷’，让它们无法通过传统RNA测序方式获得。有多少经过修饰的RNA？它们的来源是什么？它们的生物学功能呢？这些都是PANDORA-seq能够回答的问题。”
先前，哺乳动物里被研究最充分的小RNA是微RNA（microRNAs）和piRNA。而PANDORA-seq则找到了大量转运RNA衍生的小RNA（tsRNAs）与核糖体RNA衍生的小RNA（rsRNAs），这些在过去都没有得到检测。在小鼠中，这些小RNA展现出了组织特异的表达模式。此外，这些小RNA的水平在体细胞诱导成为干细胞的过程中也会有所下降，表明它们在细胞分化中可能有着独特的功能。
▲相较传统技术，PANDORA-seq（右）有望找到更多RNA的奥秘（图片来源：Chen lab, UC Riverside）
“PANDORA-seq打开了小RNA的潘多拉魔盒。”本研究的另一位通讯作者Tong Zhou教授说道。
Qi Chen教授在一篇新闻稿中提到，科学研究就像是盲人摸象，只有获得所有不同部分的信息，组合到一块，才能看见全貌。而这些新开发的技术，正是推动我们知识边界，发现真理的利器。我们祝贺这篇论文得到发表，也期待这项工具能为我们带来更多关于生命的洞见。
参考资料：
[1] Shi, J., Zhang, Y., Tan, D. et al. PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications. Nat Cell Biol (2021). https://doi.org/10.1038/s41556-021-00652-7
[2] New method expands the world of small RNAs, Retrieved April 5, 2021, from https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-04/uoc--nme040521.php
来源：学术经纬
原文链接：http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MDQzNjY2OA==&mid=2247506647&idx=2&sn=0a28fca5fd381b2feaec422174c4c0ca
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