1遭遇不公
叶企孙于1937年抗日战争爆发后，因病在天津滞留了一年．在此期间，他积极地组织他的学生在天津制造炸药，装配无线电收发报机，炸毁了日军火车，并动员学生到抗日前线．后因此事不幸受到政治的复杂牵连，于1966~1976年的十年间，受尽凌辱，以至被捕入狱，并身患重病；1977年1月13日含冤而逝．1980年平反昭雪。
其中他一手培养并送到根据地的阎裕昌在1942年的战斗中被日军俘获，这位不屈的清华人被日军用铁丝穿过锁骨拖着游街，依然破口大骂，恼羞成怒的日军把他用乱刀劈死。
不过，叶先生自己的冤案，也正源于他的学生熊大缜（曾担任冀中军区供给部部长，1986年平反昭雪）被作为国民党特务冤杀的事情，这却是大家都始料不及的了。
叶企孙1967年6月被北大红卫兵揪斗、关押，1968年4月到1969年11月，被中央军委办事组逮捕、关押，释放后又被隔离审查到1975年 。据胡升华等人的调查，叶晚年被打入另册，系受他心爱的学生熊大缜冤案的牵 连。1938年初，熊大缜往八路军领导的冀中抗日根据地研制高效火药、购置 无线电收发报设备和军火，叶曾利用自己的影响帮助筹款和居间联络。但1939年4月，熊大缜被冀中军区以“国民党派遣特务”的罪名逮捕，并于4个月后被处死。1986年10月，中共河北省委对“熊大缜特务案”平反，并说“叶企孙……对冀中抗战做出过贡献”。
2 遭质疑不问政事专心教学
解放前夕，在蒋介石的迁台名单中，叶企孙也赫然在列。梅贻琦向叶企孙探询他的去留问题，叶企孙说，清华办学本来就置身于政局变迁之外，过去这样，以后也会保持这一传统。国民党的走与不走，与清华园无关。叶企孙回绝了国民党，决意留在清华。
1949年5月，在清华学人的一致拥戴下，叶企孙被任命为清华大学校务委员会主席，履行校长职责，主持新中国成立阶段清华大学校务。
1951年底，清华、北大发出通知：该学期的期末考试暂停，学生配合教师做好思想改造运动和“三反”运动。
1952年1月16日，叶企孙在全校干部大会上作第一次检讨：“办公时间很少，每天只一点半到两点半”，“过去对政治学、经济学一向不感兴趣，解放后在政治学习上时间也花得很少，因此，水平不高，思想领导做得不够。”这确实是叶企孙的肺腑之言。可是他没有想到，群众纷纷对他的检讨表示不满，致使当晚的干部会议举行到深夜一点多钟。
这种结果，叶企孙是缺少思想准备的，他没有想到他在清华人心目中的形象原来是这个样子的。他是赞成社会主义的，但不能理解这场运动的本质;他赞成大家端正一下思想，却对于这种疾风暴雨式的批评心存疑惑。叶企孙有些迷惘了。难道以往坚持科学救国的信念已成罪孽?
1952年，全国范围内的高等学校院系调整开始了。中国高校教育进行了全国一盘棋式的改革，提出了“整顿和加强综合性大学”的调整方针，将北京工业学院、燕京大学工业科学系并入清华大学。清华大学文、理、法三个学院并入北京大学。
凭着教育家的经验，叶企孙知道，这种全国一盘棋的做法虽然对全国大环境来说有一定的好处，但对于清华、北大这样的综合性重点大学，却是一次伤筋动骨的肢解。据叶企孙的侄子叶铭汉先生的回忆，叶企孙内心是不同意这一套做法的。他认为这并不是改革，而是“革改”，就是用搞社会革命那一套来统领一切，完全不懂教学规律，是不科学的。但这时候，他已经得不到信任了，他也学会三缄其口。
就这样，清华大学的文、理、法三院在强制性的措施下被迫迁往北京大学，而北京大学的工学院也并入清华。
叶企孙到北京大学后，由于他在“思想改造”运动中的表现，已不可能再让他担任什么行政职务了，而这恰恰合了叶企孙的心愿。他在这一时期专心教学，只在1953年一年就教过光学、地理专业普通物理，气象专业普通物理、大气光学等等。能够把自己的所知传给后人，这对于那时候的叶企孙已经算是一种奢望了。
3“文革”入狱四年身心俱灭
“文革”开始后，叶企孙被怀疑汉奸、特嫌，被捕入狱，1969年，又因实在找不到证据而送回北大监督改造。他原来在镜春园的教授房子被没收了。教授待遇也被取消了，每月只有50元的工资，他住进了一间又黑又破的房子。在北大这所著名的高等学府里，他再次失去了自由，每天过着囚犯般的生活。
不久，叶企孙就听到了陈寅恪在广州去世的消息，还有饶毓泰、翦伯赞、沈廼璋等人因不堪批斗羞辱而自杀的传闻。在一连串噩耗的最后，是他寄望最大的学生赵九章自杀的消息。
1972年5月31日，北京大学党委对叶企孙做出了“敌我矛盾按人民内部矛盾处理”的结论，撤销其专案审查，不再限制人身自由，准其搬回北大公寓，恢复其原工资。
长达四年的囚徒生活虽然结束，但是，当他的海外友人任之恭、赵元任，学生林家翘、戴振铎、杨振宁归国后向北大提出要看望叶企孙时，均遭拒绝。
1974年夏季，曾与叶企孙在清华和哈佛先后同学的郭殿邦听说他的弟弟郭会邦要到北京出差，从美国来函一再叮嘱郭会邦一定代他找到叶企孙，以致深切思念之情。郭会邦在北大校园多方打听，竟没有人知道谁是叶企孙，这让郭会邦深感吃惊。郭会邦心中隐隐感到了不祥。这时，他看到一个年轻人，忙上前打问，没想到那个年轻人竟惊愕地查问他与叶企孙的关系，还以警惕的眼神看着他：“你不知道他是国家的罪人?”说完便摆手而去。郭会邦站在原地，似乎经历着“游园惊梦”。所幸又遇见了一位老人，得到老人指点，来到叶先生的住处。
眼前的情景使郭会邦十分惊愕。空荡荡的屋子里，叶企孙独卧床上，面容憔悴，衣衫陈旧。看到有人进来，叶企孙吃力地把头扭转过来，迷茫地看着郭会邦。当听到郭会邦说出他大哥是郭殿邦的时候，叶企孙苍老僵硬的脸上出现了微微的笑意。郭会邦坐在那里，看到这位当年叱咤风云的清华人物此时竟是这般境遇，很是心酸。叶企孙看着郭会邦，吃力地想从床上下来，由于他的脚肿得已经穿不上单鞋，竟穿了一双老棉鞋!他艰难地移步，摇摇摆摆地走到郭会邦跟前。由于双脚不能支撑，叶企孙重重地坐在了郭会邦旁边的椅子上。
叶企孙对郭会邦的来访非常高兴，他让工友给郭会邦上茶，并忆起了当年他和郭殿邦的一些趣事……郭会邦没想到一个76岁的老人，在遭受摧残之后还能如此乐观健谈，对多年以前的老友还会如此地关心。
当郭会邦问及叶老所受的遭遇的时候，叶企孙只是一笑而过，没有过多地说明。
叶企孙明白，即使自己被这个时代抛到九霄云外，在他的学生心目中，一切已有定论。他对学生的影响已经渗入他们的血脉，他们不会因某些政治原因改变对老师的判断。
但是，赵九章之死还是给了他致命的一击，从此他的健康每况愈下。他前列腺肥大，小便失禁，两腿肿胀如小桶……
1976年春节，清华同仁挚友陈岱孙、吴有训、钱临照、王竹溪、钱伟长登门造访，给了叶企孙生前最温暖的一天。
但叶企孙仍拒绝治疗。
1977年初，叶企孙病情迅速恶化。1977年1月10日，叶企孙陷入昏迷，呼吸困难，被送医院抢救。期间偶尔醒来，便口中喃喃：回清华……
1977年1月13日，叶企孙在医院因抢救无效，平静辞世，终年79岁。
按有关方面要求，叶企孙逝世的消息，所有报刊均不予刊登。即使是今天，若查阅叶企孙的生平，也只寥寥几字而已：“叶企孙(1898年7月16日至1977年1月13日)，男，汉族，物理学家，教育家，上海人。”
即使是这样几个字的评价，也已是社会进步的结果。
1977年1月19日，八宝山公墓举行了叶企孙先生追悼会，由于历史的原因，在那个小规模的追悼会上，悼词只字未提叶企孙在我国科学事业和高科技人才培养方面的巨大贡献，更未洗刷叶企孙先生生前所蒙受的屈辱，作为叶企孙挚友的吴有训先生愤而退场，以示抗议。
前人不可追，后人不堪说。叶企孙——一位真正的知识分子，也是中国最后一位大师，一位我们知道得最晚、被时代抛弃得最远的大师。