新型蝙蝠冠状病毒的鉴定为SARS-CoV-2及其相关病毒的进化起源提供了线索

科技工作者之家 2021-06-10

尽管发现了与SARS-CoV-2相关的动物冠状病毒,但这种病毒的进化起源尚不清楚。2021年6月9日,山东第一医科大学/山东省医学科学院史卫峰,悉尼大学Edward C. Holmes及中国科学院西双版纳热带植物园Alice Catherine Hughes共同通讯在Cell 在线发表了“Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses

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在这项研究中描述了2019年5月至2020年11月在中国云南省一个小地理区域采集的411个蝙蝠样本的元转录组研究。鉴定了24个冠状病毒全长基因组,包括4个新的SARS-CoV-2相关病毒和3个SARS-CoV相关病毒。Rhinolophus pusillus 病毒 RpYN06在大部分基因组中与SARS-CoV-2的亲缘关系最近,但其刺突基因差异较大。其他三种与SARS-CoV-2相关的冠状病毒携带一种遗传上不同的刺突基因,在体外可以微弱地与hACE2受体结合。生态模型预测了多达23种Rhinolophus蝙蝠的共存,最大的连续热点从老挝南部和越南延伸到中国南部。研究强调了蝙蝠冠状病毒在本地范围内的显著多样性,包括SARS-CoV-2和SARS-CoV的近亲

回顾性基因组测序和持续采样相结合,然后在野生动物中鉴定了与 SARS-CoV-2 相关的冠状病毒。其中包括:

(1)蝙蝠(Rhinolophus affinis)病毒 RaTG13,它在整个病毒基因组中与 SARS-CoV-2 具有最大的序列同一性;

(2)蝙蝠 (R. malayanus) 衍生的冠状病毒 RmYN02,它是长 ORF1ab 基因中与 SARS-CoV-2 最接近的亲属,并且在刺突基因的 S1/S2 切割位点包含类似的核苷酸插入;

(3)来自马来亚穿山甲(Manis javanica)的病毒,包括两个谱系;

(4)来自在日本采样的蝙蝠 (R.cornutus) 中距离更远的 SARS-CoV-2 相关冠状病毒。

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本研究的局限性在于,在蝙蝠中鉴定了四种SARS-CoV-2相关冠状病毒,其中一种病毒在大多数基因组区域显示与SARS-CoV-2高序列同一性。然而,SARS-CoV-2的直接进化祖先仍然不清楚,我们的取样只考虑了一个有限地理区域的少数蝙蝠物种。此外,我们没有考虑其他可能揭示病毒起源的哺乳动物宿主SARS-CoV-2相关冠状病毒。

原文链接:https://www.cell.com/action/showPdf?pii=S0092-8674%2821%2900709-1

来源:病毒学界

原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzQ3NTMyMQ==&mid=2247506140&idx=1&sn=41c62b0a0039225263c7e5dde0384f7e

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