1 敌特的枪口前
抗战爆发后，广大麦区被侵占，人民在死亡线上挣扎，祖国在灾难中呻吟，他的心流血了！战争的现实告诉他，人民需要粮食，前线需要粮食支援，人民在召唤他，尽快培育出更多的良种。为了搜集小麦良种，他每年利用暑假，到农村调查。1939年夏，他和助教蔡旭一起，各自坐了一个滑竿，沿嘉陵江、涪江北上，去四川北部松潘一带农业考察。当他们俩人到达平武县时，县长去重庆开会了，由秘书接待了他们。几天后，他们离开了平武，向松潘方向前进，天快黑了，突然从路旁窜出来五六个人，拿着手枪对准他们，恶狠狠地喝令：“打开行李！接受检查！”但是，这帮人翻来翻去，也没有翻出什么结果。金善宝愤怒地抗议：“你们无故检查，是何道理？”他们拿出一张平武县政府的通知，上写着：“中央大学教授金善宝、助教蔡旭，在县政府留住期间，翻地图、查县志，有汉奸嫌疑。”原来金善宝是中央大学有名的进步教授，他的行动经常受到监视，这一次川北之行，被怀疑是共产党的密探，才遭到非法扣留。但是，任何破坏、干扰都不能阻挡金善宝听从人民的召唤！任何威胁、恐吓，都不能动摇金善宝培育小麦良种的决心！这一年，他对四川全省的小麦品种进行了系统搜集和整理，对中大2419进行一系列的比较试验，从南京到重庆，历时6年，表现甚佳。并与四川农业改进所合作，把中大2419分发到该所各试验场进行区域适应性试验，成绩优异。1942年秋，中大2419和矮立多两个小麦良种同时在四川省推广。
2 大轰炸下完成研究论著
那时，日本飞机经常来重庆轰炸，空袭警报一响，学校马上停课，机关、商店立刻关门，大家扶老携幼地去防空洞躲避。由于防空洞里又潮又黑，空气不好，躲空袭时，大家都在防空洞口，只有来紧急警报时，才进入防空洞内。但常常是，空袭警报响了两三个小时之后，敌机并没有来，空袭就解除了。这样，躲空袭就要占去很多时间，金善宝觉得躲空袭太浪费时间了。他想到自己的家就在防空洞山下，可以利用这段时间在家里做点工作，等紧急警报来了之后再去防空洞不迟。久而久之，成了一种习惯。1941年8月22日，空袭警报又来了，金师母在防空洞口听说今天要来轰炸中央大学的消息，急忙派大女儿下山去叫他，过了半小时左右，没见他们来，又派二女儿下山去催，左等右等，还是不见父女3人的踪影！这时候，紧急警报的声浪已经一阵紧似一阵地鸣叫起来！金善宝刚刚放下手里的工作，准备动身时，敌机已经在他家的屋顶上盘旋了！在中央大学丢了几个炸弹，炸弹爆炸的风浪掀起了他家屋顶的瓦片，炸弹爆炸的碎片，落在了他家的小院里。他急忙把两个女儿藏在桌子底下，躲避弹片的袭击。有人问：空袭警报时，金善宝在忙什么呢？原来，他的作物学讲稿，他的两篇重要论文，1943年发表的《中国小麦区域》和《中国近三十年来小麦改进史》，都是在重庆大轰炸的威胁下写成的。
3 贫病交困中发现云南小麦
由于国库空虚，物价飞涨，早已民不聊生，大学教授的生活与抗战前相比，也一落千丈。金善宝一个人的工资，要维持一家6口的生计很不容易，没钱买菜时，只好倒点酱油淘饭吃；至于穿的，自然更不能讲究了。一次他因公外出，突然感到肚疼难忍，到处找不到厕所，只好见人就问，谁知来人并不搭理他的问话，却用一种极其蔑视的目光，上上下下打量着他，声色俱厉地反问道：“你是什么人？从哪里来的？到这里来干什么？”金善宝又急又气，这时候他才想到，自己穿了一件破长袍，因而被人看不起，竟然连上厕所都要受到审查了!
那时，金善宝是年年有病，走路拐杖不离手，多年不见的老朋友，一旦见到他，会很惊讶地说：“金善宝，你还不差嘛！”言外之意是，以为他早已去见上帝了。当时，中大农学院有五老，即梁希、邹树文、李演恭、汪德章和金善宝。金善宝年纪不到50，满头白发，也被列为五老之一。但是，贫困与病魔并没有使金善宝屈服，他一心牵挂的仍然是他的小麦科学研究。
当1937年抗日烽火初起之时，金善宝从云南征集的小麦品种中，发现有一类小麦品种性状特殊，穗形细长而稀疏，无芒，白壳或红壳，穗轴坚硬而易折断，小穗紧靠穗轴，角度很小，小穗从穗节下部折断，籽粒和颖壳难于分离，脊上有锯齿和侧脉，种子横切面呈三角形等。从植物学分类上看，它与一般普通小麦的穗轴坚韧不易折断有较大差异，也不同于斯卑尔托小麦。
1942年，他带着病弱之身，去云南实地考察，走遍了澜沧江流域，登上海拔1700米的高原，发现该品种的主要产区分布在云南省西部澜沧江西南，包括镇康、双江、云县、缅宁及腾冲等县，海拔均在1000～1700米之间。通过考察，他一共搜集到这种小麦15个品种，后经多方研究，他将其命名为“云南小麦”，确定其为普通小麦的云南小麦亚种。