微课堂：TopHat2——国家微生物科学数据中心云工具
国家微生物科学数据中心推出免费的全套在线视频教程——微课堂，对近百个微生物组学数据分析工具进行详细介绍和手把手教学。让您迅速上手使用国家微生物科学数据中心推出的一站式在线分析平台。
国家微生物科学数据中心一站式生物信息分析云平台可提供包括生物信息在线分析工具、计算资源、公共参考数据的整合在线服务。用户无需任何编程基础，无需配置Linux操作系统，无需安装复杂的生物信息分析软件，无需下载庞大的生物数据库，只需在图形化界面进行简单点击操作，就能一键搞定生物数据分析。并且每项分析都可以自定义分析参数，实现在鼠标点击之间即可在国家微生物科学数据中心进行在线生物信息数据分析，挖掘出准确、详细、专业的分析结果，让更多领域内科研人员能更快、更高效、更自主的完成交互分析。
那么究竟如何快速使用这些分析工具进行线上数据分析呢，又在哪里能找到这些专业详细的分析工具教程视频和pdf版本使用说明呢，小编现在就带您一探究竟：
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首先进入国家微生物科学数据中心首页www.nmdc.cn，选择分析工具的入口按钮，进入分析工具界面。
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在分析工具主界面，选择工具进行使用，这里以TopHat2为例。
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点击TopHat2工具的查看详情按钮进到TopHat2的工具详情页，链接地址：https://nmdc.cn/analyze/details?id=60067b3f0b38496ee0c9095a
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在TopHat2工具详情页，用户可以看到使用帮助栏目的TopHat2视频版使用教程和pdf版使用说明。点击TopHat2使用教程可以直接观看在线视频教学。（TopHat2视频课程链接：https://nmdc.cn/analyze/details/video?name=Tophat2&type=analysis）
点击TopHat2使用说明可以直接在线预览pdf页面并下载该说明存入本地。
在国家微生物科学数据中心首页，点击微课堂查看更多，可以查看所有分析工具的视频教程。
微课堂中分析工具培训课程的链接地址：http://nmdc.cn/video
工具介绍
Tophat2使用RNA-seq的reads数据来寻找基因的剪切点(splice junction）。该软件调用Bowtie/ Bowtie2,将reads比对到参考基因组上，寻找出外显子之间的结合位点。
TopHat2分析步骤：
TopHat2在国家微生物科学数据中心的运行展示示例：
如在使用分析工具的过程中有任何相关问题请联系网站下方服务邮箱、QQ或电话咨询。服务邮箱：nmdc@im.ac.cn；服务QQ: 3415782117; 联系电话：010-64806052。
官网：www.nmdc.cn
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