单细胞数据挖掘的起点：你的单细胞数据中到底有哪些细胞类型?

      相信各位研究某个具体领域的老师们，自己对该单细胞实验的样本还是比较了解的。作为课题组研究方向的实验材料，经过多年的研究和积累，该组织中可能存在哪类主要类型的细胞，它们的标志性marker有几个，是哪几个，还是烂熟于心。因此，只需把这些细胞类型和对应的marker整理出来，结合单细胞分群数据的marker表进行匹配，就能知道自己做的样本中存在哪些类型。当然，这个过程中可能会出现一种情况：用已知的marker进行匹配后，大部分的细胞类型都找到了，但是有些细胞类型，无论用哪种marker，都匹配不上。这时，大家无需焦虑和担心，应该高兴。因为您有可能发现了一种新的细胞亚型，一类之前大家从来没发现过的，可能具有重要生物学功能的细胞类型。

      文献是所有科学研究成果的最终展示形式。因此，调研本研究领域最新的研究进展，特别是单细胞测序相关最新的文章。在这些文章中有哪些细胞类型？哪些细胞是用哪些基因进行分类的？这个过程中，可能也会遇到一些问题，比如：同样的组织的单细胞文章，同一个细胞类型，不同文章会用到不同的marker。这种情况下，建议把这些marker都收集下来。同时，也要多研究下，该文章为什么用这个？参考来源是什么？

      由于单细胞技术的发展，科学家们已经对大部分的组织类型进行了研究。因此，很多专门的数据库对不同的组织类型，细胞类型，对应发现的marker进行整理，常见的marker数据库如下：

Cellmarker：

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

HCA：

https://www.humancellatlas.org/

CancerSEA：

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/