根据tRNA基因与其他基因（非tRNA基因）的相对位置，作者首先将tRNA 基因分为四类（图1A）：第一类（TSS-300），处在转录起始位点上游300 bp 以内的tRNA基因；第二类（Intra），处在基因内的tRNA基因；第三类（TTS-300），处在转录终止位点下游300 bp以内的tRNA基因；第四类（Others），不属于前面三类的tRNA基因。通过分析R-loops水平，他们发现拟南芥基因内tRNA基因具有较高含量的正义R-loop（图1B），并且这种现象在人基因组中也是保守存在的（图1C）。