中科院北京基因组研究所上线高粱基因组学数据库

高粱(Sorghum bicolor)作为第五大谷类作物，不仅可用于粮食生产，还经常用于生产饲料、糖浆和生物质能源，现已成为能源植物研究的关键C4模式生物。随着高通量测序技术的发展，高粱积累了大量的多维、多组学信息。整合这些信息可加速高粱的遗传研究和农艺性状的分子育种。

发表动态

中科院北京基因组研究所（国家生物信息中心）赵文明研究团队与中科院植物研究所景海春研究团队合作，在Biotechnology for Biofuels杂志上在线发表了题为 "SorGSD: updating and expanding the sorghum genome science database with new contents and tools” 的研究成果，共同升级优化了SorGSD(https://ngdc.cncb.ac.cn/

sorgsd )数据库。

与第一版SorGSD高粱变异数据库(Sorghum Genome SNP Database )相比，新版SorGSD高粱基因组科学数据库(Sorghum Genome Science Database)扩展到289份材料的基因组变异信息并添加了表型数据及分析工具。

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数据资源

新版本的 SorGSD 建立在高粱参考基因组 BTx623 (v3.1) 上 。目前，SorGSD 从 289 个高粱品系的重测序数据中鉴定出 33,825,236 个 SNP 和 5,722,385 个INDEL 。经过注释，获得了不同基因组区域变异分布的详细信息。

另外，该团队还收集了来自美国国家植物种质系统（GRIN-Global）的183份材料的约70种表型数据，及该团队拍摄的174个关键种质的穗型图片。

工具应用

SorGSD 提供了四个在线工具（ ID 转换、同源基因搜索、基因组可视化、BLAST）供用户分析数据。ID Conversion 可将高粱基因 ID 在 v1.4、v2.1 和 v3.1 以及 UniProt 和 PANTHER 数据库的 ID相互转换。此外，同源基因搜索功能可用来识别高粱、玉米、水稻和拟南芥之间的同源基因，能更好的了解高粱基因的进化过程。最后，BLAST 工具可用于核苷酸或蛋白质序列与高粱参考基因组序列数据库进行比对；基因组可视化功能可用来直观展示基因组变异物理位置信息。

知识资源

作为专业的高粱资源数据库，该团队还收集并整理了本领域的研究资源，包括高粱基本信息介绍、常用网站资源、以及162篇高粱的重要文献，为研究人员日常使用提供便捷。

数据下载

SorGSD提供了该数据库构建所使用的变异数据及表型数据的下载链接，为高粱组学数据的研究提供重要资源。

SorGSD 致力于为高粱研究人员和育种家提供广泛的高粱基因组数据。同时，也希望得到大家的意见和建议，旨在将SorGSD打造成一个拥有多方位组学数据和分析工具的一站式高粱研究平台。

中科院植物研究所博士生刘远铭，中科院北京基因组研究所博士生王钟凰为论文共同第一作者，中科院北京基因组所赵文明研究员，中科院植物研究所景海春课题组郝怀庆副研究员为论文通讯作者。

论文链接：https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-021-02016-7

SorGSD 数据库链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/sorgsd

国家基因组科学数据中心链接：https://ngdc.cncb.ac.cn