番茄全基因组关联分析鉴定了8个果实性状相关的QTL

科技工作者之家 2021-09-28

    作为解析复杂性状的有效的基因定位方法,全基因组关联研究(GWAS)允许在非结构化种群(例如种质和育种系的集合)中识别具有密集基因组覆盖的标记和 QTL 之间的紧密联系。

    这些GWAS 技术具有更高的重组率,以提高相对于双亲种群的映射分辨率。

    此外,可以在这些群体中探索感兴趣性状的不同等位基因。

    全基因组单核苷酸多态性(SNP)的发现促进了作物物种中的全基因组关联分析。

    作为最常见的序列变异类型,SNP 适用于自动化的高通量基因分型。

    二代测序(NGS)技术的进步导致了 SNP 的快速积累。

    近日,Horticulture Research在线发表了韩国世宗大学的Sung-Chur Sim等人题为Genome-wide association study identifies QTL for eight fruit traits in cultivated tomato (Solanum lycopersicum L.)的研究论文。

    在这项研究中,作者们使用 162 个具有不同遗传背景的番茄品种进行了 GWAS,以探索番茄果实的8个性状的数量性状位点 (QTL)。

    8个性状包括果实重量、果实宽度、果实高度、果实形状指数、果皮厚度、心皮数目、果实硬度和糖度。

    在为期三年的田间试验中,通过三个重复评估了番茄系列中这些性状的表型变异。

    作者们基于 5% 的次要等位基因频率从 51 K Axiom® 番茄阵列中,过滤了 34,550 个置信 SNP用于关联分析。

    162个番茄品种被分成7 个集群,它们的成员系数用于解释种群结构和亲属关系矩阵。

    为了识别标记-性状关联(MTA),在多位点混合模型(MLMM) 中独立分析了代表三年和组合的四个表型数据集。

    在 P < 0.0005 的情况下,在8 个果实性状的数据集上共检测到 30个显着的 MTA。

    每个性状的 MTA 数量从一(白利糖度,即糖的百分浓度)到七(果实重量和果实宽度)不等。

    染色体 1 和 2 上的两个 SNP 标记与多个性状显着相关,表明 QTL 的多效性。

    此外,30个MTA 中有16 个显示了 8 个水果性状的潜在新 QTL。

    这些结果促进了番茄果实性状的遗传剖析,并提供了有用的资源来开发分子工具,通过番茄育种计划中的标记辅助选择和基因组选择来改善果实性状。

    文章链接:https://www.nature.com/articles/s41438-021-00638-4The novel gene BrMYB2, located on chromosome A07, with a short intron 1 controls the purple-head trait of Chinese cabbage (Brassica rapa L.)20210928100412_cb93fc.jpg
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来源:植物生物学

原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5NTk2MTcyOA==&mid=2247499413&idx=3&sn=a4fe68ba3f0c4f0897f082f1d91ec477

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种群 基因定位 非结构化

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