微生物学: 一个微生物培养基配方数据库

Nature Communications上发表的一篇文章报告说，包含数千种微生物和培养条件的一个新的数据库，将使研究人员能够预测新微生物的生长所需的合适培养基配方。这个数据库将会促进有关这些新微生物的生物学及其生物技术潜力的研究工作。

生活在环境中或我们体内的大多数微生物还不能在实验室中生长，从而构成所谓的“微生物暗物质”，我们对其知之甚少。Matthew Oberhardt及同事从一个大型资源库提取了用来准备让微生物在其上生长的培养基的配方，以此建成一个被称为KOMODO的数据库。这个数据库包括来自18,049种不同微生物和3,335 个培养基配方的信息，使得研究人员能够对决定微生物在实验室中生长的原理进行系统性研究。

这些研究人员发现，培养基中特定痕量金属和维生素的利用对于生长新微生物来说经常是至关重要的。他们还证实了一个常用的、但尚未验证的假设：密切相关的微生物往往会生长在相似的培养基中。最后，他们还创建了一个在线工具(GROWREC)，它能从KOMODO中所见的培养基配方中为新微生物预测合适的培养基配方。GROWREC利用关于已知微生物的演化相关性的现有知识、并结合可以从含有目标微生物的任何环境或临床样本中轻松获得的该微生物的一条遗传信息(16S rDNA序列)来进行预测。

本文作者创建的这个数据库和在线工具对于在实验室中生长和研究目前仍未培养出的很多微生物将会有用。这些研究人员将他们自己的工作看成是朝实现对微生物营养进行更具可预测性研究的目标所迈出的第一步。