一种可得到完全解的生物序列局部比对方法

• 摘要：

  一种可得到完全解的生物序列局部比对方法,包含以下步骤:步骤1:采用一种生物序列作为基准序列,另一种生物序列作查询序列,设定匹配得分Sa,不匹配得分Sb,起始罚分Sg,扩展罚分Ss,分数阈值H;步骤2:进行基准序列的后缀树分支与查询序列的比对,步骤如下:步骤3:整合各分支比对得分结果,取最大值作为两个生物序列的最终比对得分结果.步骤4:根据最终比对得分结果,寻找查询序列和基准序列中具有相似功能的片段或判断查询序列和基准序列之间的同源性关系.本发明采用BWT索引,结合过滤和重用技术,进行基准序列的后缀树分支与查询序列的比对,得出生物序列比对的完全解,弥补现有方法准确度不够或效率低下的问题.

• 专利类型：

  发明专利

• 申请/专利号：

  CN201210196668.9

• 申请日期：

  2012.06.14

• 公开/公告号：

  CN102750461A

• 公开/公告日：

  2012-10-24

• 发明人：

  杨晓春 王斌 刘洪磊 王佳英

• 申请人：

  东北大学

• 主分类号：

  G06F19/22(2011.01)I,G,G06,G06F,G06F19

• 分类号：

  G06F19/22(2011.01)I,G,G06,G06F,G06F19,G06F19/22

• 主权项：

  一种可得到完全解的生物序列局部比对方法,其特征在于:包含以下步骤:步骤1:采用一种生物序列作为基准序列,另一种生物序列作查询序列;步骤2:进行基准序列的后缀树分支与查询序列的比对,步骤如下:步骤2.1:设定匹配得分Sa,不匹配得分Sb,起始罚分Sg,扩展罚分Ss,分数阈值H;步骤2.2:对基准序列的逆序列T?1构建BWT索引;步骤2.3:按基准序列的后缀树分支进行局部比对,计算各分支比对得分结果;步骤3:整合各分支比对得分结果,取最大值作为两个生物序列的最终比对得分结果;步骤4:根据最终比对得分结果,寻找查询序列和基准序列中具有相似功能的片段或判断查询序列和基准序列之间的同源性关系.