一种利用微卫星鉴定和划分湖羊家系的方法及其应用

• 摘要：

  本发明公开了一种利用微卫星鉴定和划分湖羊家系的方法及其应用,包括以下步骤:湖羊基因组DNA的提取;湖羊多态性微卫星标记的选择与荧光基团修饰;降落式PCR扩增;分析基因型等数据,进行家系的鉴定与划分等步骤.本发明选择了多个微卫星位点,这些位点分布于多个常染色体,连锁性低、等位基因数目多、多态性高、杂合度高,利用降落式PCR扩增,操作便捷、产物特异性强,可快速、准确地鉴定和划分湖羊家系.累积单亲排除率、父权排除率、双亲排除率分别达到99.6072%,99.8808%,99.9999%,完全能够满足遗传育种中亲子鉴定和系谱分析的要求,在湖羊家系选育和育种中有很大的应用价值.

• 专利类型：

  发明专利

• 申请/专利号：

  CN202010159913.3

• 申请日期：

  2020.03.10

• 公开/公告号：

  CN111004853A

• 公开/公告日：

  2020-04-14

• 发明人：

  张莉 赵志达 王欣悦 胡文萍 侯浩宾

• 申请人：

  中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

• 主分类号：

  C12Q1/6888(2018.01),C,C12,C12Q,C12Q1

• 分类号：

  C12Q1/6888(2018.01),C12Q1/6858(2018.01),C12N15/11(2006.01),G16B20/30(2019.01),C,G,C12,G16,C12Q,C12N,G16B,C12Q1,C12N15,G16B20,C12Q1/6888,C12Q1/6858,C12N15/11,G16B20/30

• 主权项：

  1.用于鉴定和划分湖羊家系的微卫星标记,其特征在于,由9个微卫星标记组成,具体如下, . 2.一种利用微卫星鉴定和划分湖羊家系的方法及其应用,包括以下步骤: (1)提取待测湖羊的DNA:对样本湖羊颈静脉采血1~2 mL,储存在含EDTA采血管中待用,采用TIANGEN血液基因组DNA提取试剂盒提取待鉴别家系湖羊的DNA,作为模板待用; (2)荧光基团修饰微卫星引物:选取权利要求1所述的9对微卫星引物,分成3组,其中BM3501、INRA023和MAF33为一组,TGLA137、HH64和FCB48为一组,MCM527、ETH152和VH72为一组,在每组引物的正向引物5' 端分别用FAM、HEX、TAMRA三种不同的荧光基团进行修饰,用于降落式PCR; (3)降落式PCR扩增:使用步骤(2)所述修饰后的9对引物,对步骤(1)获得的DNA模板进行降落式PCR扩增,扩增产物以步骤(2)所述分组进行混合,混合物作为上机样本; (4)鉴定和划分湖羊家系:对步骤(3)所述上机样本采用基因分析仪进行分析,读取每个样本的基因型信息,用遗传软件计算个体之间的遗传距离,根据遗传距离绘制聚类图,以此进行湖羊家系的鉴定与划分. 3.根据权利要求2所述一种利用微卫星鉴定和划分湖羊家系的方法及其应用,其特征在于,所述步骤(3)中降落式PCR扩增的反应体系为25µL,包括超纯水10.5µL,2*Mix 12.5µL,正反引物各0.5µL,DNA模板 1µL. 4.根据权利要求2所述一种利用微卫星鉴定和划分湖羊家系的方法及其应用,其特征在于,所述步骤(3)中降落式PCR扩增反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性30s,64℃退火30s,72℃延伸40s,以后每个循环退火温度依次降低1℃,直到58℃,共10个循环;之后95℃变性30s,58℃退火30s,72℃延伸40s,共25个循环;最后72℃延伸10min. 5.根据权利要求2所述一种利用微卫星鉴定和划分湖羊家系的方法及其应用,其特征在于,所述步骤(4)中上机样本在ABI3730XL基因分析仪上进行分型,以Rox-500为内参,使用GENEMAPPER 4.0软件读取个体等位基因型,使用CERVUS 3.0.7软件分析待测湖羊基因型信息和个体间亲缘关系,使用POPGENE 1.32软件计算个体间的Nei's遗传距离,以此构建UPGMA聚类图,划分家系.