从“细菌耐药性”认识2OG加氧酶

科技工作者之家 2020-07-03

来源:鸡西科普

你了解细菌耐药性吗?


一些致病细菌侵入人体后会引发人体内免疫系统的反抗,这时如果辅助使用抗生素药物会帮助人体尽快消灭病菌。但由于某些细菌在与抗生素“战斗”的过程中逐渐获得耐药性,抗生素无法对这些菌株产生威胁,它们便开始“无法无天”,对人类的健康形成新的、甚至更加严重的挑战和威胁。


以大家都有所耳闻的食源性致病菌——金黄色葡萄球菌为例,它能产生一种酶(β-内酰氨酶)水解特定的某类抗生素(β-内酰胺类抗生素),使其失去效用。你可能会有疑问:难道抗生素就拿它没有办法了吗?


答案是否定的。这时就让我来介绍一位功臣——克拉维酸。它能够与金黄色葡萄球菌产生的酶结合使其失活,使不耐酶的抗生素保持活性功能从而杀灭致病菌。所以克拉维酸与青霉素类及头孢菌素类药物合用,不仅能大大减少这些药物的使用剂量,还能帮助抗生素药物更高效地对抗耐药性致病菌。


认识了克拉维酸,它又和2OG加氧酶有什么关系呢?我们要从它的生产途径说起。


目前克拉维酸的生产途径主要为微生物发酵合成,以L-精氨酸和D-甘油醛-3-磷酸为底物,其生物合成途径如图所示:


图1. 克拉维酸生物合成途径(8:产物克拉维酸)


在该途径中,克拉维酸合成酶(clavaminic acidsynthase,CAS)发挥了前所未有的三功能作用,催化了羟基化、氧化环化和去饱和反应。而克拉维酸合成酶正是一种出色的Fe(II)/ 2-氧代戊二酸加氧酶(Fe(II)/2-oxoglutarate oxygenase),简称2OG加氧酶,所以2OG加氧酶在克拉维酸生产过程中的地位极为重要。


2OG加氧酶通常使用Fe(II)作为辅因子,2OG和O2作为辅助底物,产生副产物CO2和琥珀酸盐。就底物和产物的选择性而言,2OG加氧酶是生物化学上最灵活的酶之一。这类酶由Johanna Myllyharju和Kari I. Kivirikko在胶原生物合成研究中首次发现,并被证明能够催化脯氨酰和赖氨酰残基羟基化。随后,更多的研究者发现它们存在于大多数生物中,例如在植物和微生物中,2OG加氧酶能够催化包括去饱和、氧化环化、重排和卤化在内的各种反应。


对2OG加氧酶的催化机理进行研究时,Danica等人首先通过对氯化酶CytC3的研究,发现了铁(IV)氧代中间体,即ferryl中间体(见图2 E)。Fe(II)构成金属配体与2OG结合,2OG的氧化脱羧作用释放CO2,形成琥珀酸酯与Fe(IV)高价铁氧化物结合,合成C=O键得到产物。


图2. 2OG加氧酶催化机理


图3. 2OG加氧酶羟基化反应示例


自2OG加氧酶被发现以来,这一庞大的加氧酶家族已经有了巨大的发展。如今,它已被认为可催化非常广泛的氧化反应,这些“外来的”氧化反应通常参与次生代谢产物的生物合成,不止克拉维酸,还包括医学上重要的抗生素如头孢菌素,以及植物中的重要小分子如赤霉素、乙烯和类胡萝卜素等。


时至今日,2OG加氧酶催化的化学反应类型在更为深入的科学研究中继续多样化,相关工业应用也有了显著的增长,特别是在抗菌化合物的合成途径中,其重要性使得这类酶在工业应用中会具有很大潜力。


然而,尽管在破译该类酶的酶结构、机理和生物学作用方面已取得了长足进步,我们仍有许多问题有待阐明:这些酶中的哪一种最适合用于所需的工业应用,又该如何增强它们对非天然底物的反应性?这些亟待回答的问题将会对其进一步的应用有着极大的影响。


参考文献:

1. Prescott A. G. & Lloyd M.D., "The iron(II) and 2-oxoacid-dependent dioxygenases and their role inmetabolism,"Natural product reports,Vol.17, No.4(2000), pp.367-383.

2. Islam M. S., Leissing T. M.& Chowdhury R. et al., "2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenases,"Annual Review of Biochemistry, Vol.87,No.1(2018), pp.585-620.

3. Zhang Z., Ren J. & StammersD. K. et al., "Structural origins of the selectivity of the trifunctionaloxygenase clavaminic acid synthase,"NatureStructural Biology, Vol.7, No.2(2000), pp.127-133.

4. Galonić D. P., Barr E. W. &Walsh C. T. et al., "Two interconverting Fe(IV) intermediates in aliphaticchlorination by the halogenase CytC3,"NatureChemical Biology, Vol.3, No.2(2007), pp.113-116.

5. Myllyharju J. & KivirikkoK. I., "Collagens, modifying enzymes and their mutations in humans, fliesand worms,"Trends in Genetics,Vol.20, No.1(2004), pp.33-43.

6. Herr C. Q. & Hausinger R.P., "Amazing Diversity in Biochemical Roles of Fe(II)/2-OxoglutarateOxygenases,"Trends in BiochemicalSciences, Vol.43, No.7(2018), pp.517-532.


来源:中国科学院青岛生物能源与过程研究所


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来源:gh_afe45d0f8799 鸡西科普

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