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科技工作者之家 2020-08-30
来源:iPlants
基因表达水平调控植物的各种表型,然而自然选择如何影响基因表达,以及它们在适应性进化中的作用,仍然未知。2020年2月13日,Nature杂志在线发表了来自美国纽约大学Michael D. Purugganan课题组题为“The strength and pattern of natural selection on gene expression in rice”的研究论文。该研究通过RNAseq方法测量1320株生长在干旱和水分充足的水稻叶片,全方位地分析水稻基因表达和表型,评估了自然选择对水稻基因表达的类型和强度的变化。
植物在动态且不适宜的环境中不断调整新陈代谢和发育。气候变化加剧了植物生长环境的严重性和不可预测性,包括水和温度的极端情况。
为了研究自然选择对水稻基因表达的类型和强度的变化,该研究评估了两个水稻群体的转录组变异,其中一组包括136个分布不同的籼稻品种,另一种包括84个分布不同的粳稻品种(见下图a)。然后将两组水稻群体分别种植在干旱和水分充足的实验田里,每个品种种植三重复植株(如下图b)。在播种后50天(相当于在旱地停水17天后)使用了mRNA-Seq方法测序共计1320株植物叶片的mRNA水平,随后使用表型选择分析在干旱和湿润条件下15635个基因转录水平的选择类型和强度变化。
该研究表明,在水分充足的田野条件下,大多数转录本的变化(几乎)是中性的,表明水稻处在相对较弱的选择条件下。但是在干旱条件下,水稻受到的选择强度更强。同时,研究进一步表明,选择强度与顺式元件的调控水平和表达网络连接性呈弱的负相关性,这与之前报道是相似的。来源:PlantRSS iPlants
原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzNzczODE4Mg==&mid=2247499624&idx=1&sn=521582423bbf69819e4349729da4a3c6&chksm=fae0d1c1cd9758d7d123c7dece4454f0adae72416aeb243d3754a3027c2eaf3045f7a8841c96#rd
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