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科技工作者之家 2021-08-20
USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程
USEARCH官方英文主页:http://www.drive5.com/usearch/
本站经USEARCH作者Robert Edgar授权,由《宏基因组》公众号翻译的中文帮助文档和系列教程。
USEARCH简介USEARCH是最好用的扩增子分析流程,在体积仅1 MB的软件中实现了近200种扩增子分析常用功能,安装方便且运行速度快。
图1. USEARCH文章引用统计截图(截止2020年11月26日,Google学术统计引用13,604次)
图1. USEARCH作者谷歌学术主页(截止2020年11月26日,Google学术统计引用83,507次)
USEARCH作者是Robert Edgar独立研究员(Independent Investigator)在本领域开发了一系列经典算法和软件,如扩增子分析流程USEARCH[1](引用1.3万次)、嵌合体检测软件UCHIME[2](引用9097次)、OTU聚类和代表性序列鉴定算法UPARSE[3](引用6660次)、和测序数据错误过滤和校正的去噪算法UNOISE[4]等。这些新算法和软件的推出,极大的提高了扩增子数据分析的速度和准确度。
USEARCH不仅分析速度快,而且软件可用性强,可有效降低入门学习成本并节约宝贵时间。进一步阅读,欢迎点击下方链接,阅读宏基因组公众号关于USEARCH的历史文章。
扩增子分析神器USEARCH简介
USEARCH v11新功能介绍
USEARCH最新版v11命令大全
OTU表抽平otutab_rare
核心OTU鉴定otutab_core
USEARCH的优点体积小巧:
QIIME系统软件大小上G,而USEARCH只有1M的大小完成了市面上的大多数分析功能;
安装方便:
软件无依赖关系,下载后添加环境变量即可运行;
运行速度快:
R语言在大数据面前太低效,USEARCH采用C编写,数据处理速度为R的20倍。
鉴定ASV的核心算法UNOISE3也比主流软件DADA2[5]快100倍,delbur快10倍以上[6],详见 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较;
跨平台:
绝大多数软件只能在Linux上运行。
USEARCH支持三大主流操作系统,不仅在Linux服务上跑的溜,而且在你的Windows/Mac笔记本上也可以轻松分析多达上千个样本的扩增子大数据。
来源:宏基因组
原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==&mid=2247501277&idx=2&sn=1b7587368294c55def9d0b63894f57c2
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