银鲳高质量染色体水平基因组获解析

科技日报记者 宋迎迎 通讯员 王敏

3月18日，记者从中国科学院海洋研究所了解到，该所研究团队在国际上首次发布了银鲳的高质量染色体水平参考基因组。该研究成果可为深入解析银鲳食道侧囊和腹鳍缺失性状演化、银鲳渔业资源可持续利用等研究提供高质量参考基因组基础。相关研究成果以“银鲳染色体水平基因组的组装及解析”为题，近日在线发表于《自然》子刊《科学数据》。

银鲳隶属鲳亚目、鲳科、鲳属，广泛分布于西北太平洋近岸海域，从我国南海北部至日本、韩国和俄罗斯沿海均有分布。银鲳肉质细腻，油脂丰富，是我国重要的经济鱼类。近年来，由于过度捕捞，野生银鲳资源急剧衰退。我国银鲳人工繁育与养殖技术虽取得突破性进展，但银鲳对环境变化极为敏感，在运输和养殖过程中容易发生应激死亡，制约了银鲳养殖产业的发展。

银鲳染色体水平基因组特征。受访单位供图

在前期研究基础上，中国科学院海洋研究所刘静研究团队综合采用二代、三代高通量测序技术以及染色体构象捕获技术，对银鲳基因组进行了深度测序和组装，在国际上首次获得了银鲳的高质量染色体水平参考基因组，得到银鲳24条染色体单体序列。研究精确揭示了银鲳基因组大小为5.1806亿个碱基，指示基因完整度的两个指标——重叠群和脚手架N50长度均达两千万碱基级别，表明基因组完整度极高，达到染色体水平级别。重复序列占基因组的13.45%，获得了24696个蛋白编码基因，通用单拷贝直系同源基因基准数据集的评估值高达98.90%。

该研究成果为深入解析银鲳食道侧囊和腹鳍缺失性状演化、种质遗传资源评估、抗逆品种选育及银鲳渔业资源可持续利用等研究提供高质量参考基因组基础。