西南大学柑桔研究所发布柑橘全基因组变异数据库CitGVD 学术资讯

内容来源：中国高校之窗

近日，西南大学柑桔研究所题为“CitGVD:arehensive database of citrus genomic variations”（CITGVD: 柑橘全基因组变异综合数据库）的研究论文在Horticulture Research（《园艺研究》）上发表。该研究展示了柑橘的全基因组变异数据库CitGVD，这也是世界范围内的第一个园艺类全基因变异数据库。

柑橘是全世界最重要的商业水果作物之一。利用当前可用于柑橘类水果的大量基因组数据，可以开发分子标记和评估种质遗传关系，服务于分子育种和全基因组选择辅助育种。在这项研究中，为方便访问、利用和分享这些数据，国家柑橘品种改良中心陈善春团队开发了一个基于Web的数据库，即柑橘基因组变异数据库（CitGVD，http：//citgvd.cric.cn/home）。

这是第一个针对柑橘且专用于全基因组变异数据和分析的综合数据库，包括单核苷酸多态性（SNP）和插入/缺失（INDEL）。CitGVD的当前版本（V1.0.0）是一种开放获取资源，其资源是从内部项目和公共资源中挑选出来的346个种质的1,493,258,964个高质量基因组变异和84个表型。

CitGVD集成了有关基因组变异注释，相关基因注释以及有关种质的详细信息，并集成了多种内置工具来进行数据访问和分析。本数据库是一个数据与工具的集成分析平台，为柑橘的分子标记挖掘，分子标记辅助育种和分子设计育种提供数据支持。这些功能使CitGVD成为用于柑橘相关研究的综合Web门户和生物信息学平台，还为构建其他农作物的全基因组变异数据平台提供了范例。

来源：中国高校之窗

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