海湾扇贝两个亚种基因组测序组装完成学术资讯

海湾扇贝南部亚种

海湾扇贝北部亚种

日前，青岛农业大学在扇贝育种研究方面取得重要进展，该校海洋科学与工程学院教授王春德课题组联合浙江海洋大学、中国科学院烟台海岸带研究所等合作单位，完成海湾扇贝北部亚种和南部亚种基因组的测序和分析，相关成果在线发表于《科学数据》。

课题组利用二代和三代测序相结合的方法测序并组装了海湾扇贝两个亚种的基因组，其中北部亚种获得253.17 Gb的原始数据，组装出835.7Mb的基因组，占海湾扇贝北部亚种估计基因组大小的83.9%，其contig N50和scaffold N50分别为78.54kb 和1.53Mb，预测的蛋白编码基因数量为26777个；获得南部亚种测序数据 272.97Gb，组装出的基因组大小为874.82 Mb，占南部亚种估计基因组大小的89.79%，其contig N50和scaffold N50分别为63.73kb和1.25Mb，预测的蛋白编码基因数为 25979个。系统进化分析显示，海湾扇贝两个亚种先聚为一支，然后与虾夷扇贝聚为一支，再与其他双壳类聚为一支，然后再与腹足纲物种聚类。两个海湾扇贝亚种的分歧时间为2640万年，与虾夷扇贝的分歧时间为8590万年前。

来源：中国科学报

原文链接：http://news.sciencenet.cn//sbhtmlnews/2020/3/354255.shtm

电话：（010）86409582

邮箱：kejie@scimall.org.cn