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科技工作者之家 2020-06-02
来源:精准医学与蛋白组学
景杰学术 | 报道2020年,新冠疫情席卷全球,但并未能阻挡科学技术前进的脚步。6月1日-12日间,全球质谱届最重要的年会之一——2020美国质谱年会(ASMS 2020)如期举行。不同以往的是,受疫情的影响,本届年会转移至“线上”,采用网络会议形式举办。我们将持续关注,为您带来本届大会最新报道。
得益于额外维度的分离能力、超快的扫描速度和4D对齐的特性,4D蛋白组平台不仅能提升DDA模式下的鉴定和定量能力,同样能够在DIA和PRM采集方式下体现其独特的优势。
4D-DIA技术(diaPASEF)
在上一届ASMS中,Matthias Mann组公布了基于4D蛋白质组平台的DIA技术——4D-DIA(diaPASEF),并展现出其在深度、灵敏度、可靠性方面的优势。而至本届ASMS中,4D-DIA(diaPASEF)技术业已成为DIA未来持续发展的重要方向,更加成熟进入到实用阶段。
常用的DIA搜库软件Skyline和Spectrunaut都已经全面支持4D-DIA(diaPASEF)数据处理,而Spectrunaut将在本届ASMS期间公布最新的软件版本,将directDIA功能扩展至4D平台,进一步提高检测的效率。
4D-PRM技术(prm-PASEF)
除了大规模的discovery proteomics分析,靶向的target proteomics技术同样在验证和临床转化方面有巨大应用前景。而Skyline软件在最新版本中也将支持4D-PRM(prm-PASEF)数据分析,相比传统技术在灵敏度和通量方面显著提升。
会议期间,Bruker副总裁Gary H. Kruppa博士将做“New 4D-Proteomics methods: dia-PASEF, prm-PASEF, and RTMS”的报告,展示这部分的最新进展,感兴趣的老师可以关注。目前4D蛋白质组中的CCS数字可用于相互匹配,来提高鉴定定量的能力。如果能够提前确定CCS这个数字的绝对常量,那么将能够进一步提升其鉴定的可靠性。深度学习的应用有望实现这一目标。
来源:ptm-biolab 精准医学与蛋白组学
原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5NDM5NjQxOA==&mid=2650447097&idx=1&sn=9d40e62946a9b2232105b0d9b9227000&chksm=be865c9489f1d58264f2d98659f085ae164297bf9edbdbea32c4e56d9a82eb70f5632ed522fc#rd
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