miRNA,lncRNA,circRNA都是RNA，那它们的研究方法一样吗？

来源：小张聊科研

某天，在听课的时候，有个外行老师说了这样一句话：“你们这些说是在搞研究的，搞来搞去，都是在研究RNA嘛，什么miRNA, lncRNA, circRNA，研究套路还不是一样！”作为一个研究生，感觉自己的实验被侮辱了，可我竟然无法反驳他！这令我很不服气，于是我查呀查，决定写出此文，给初学者以借鉴思路，给被质疑者以有力证据。

首先，miRNA, lncRNA, circRNA确实都是RNA，它们的区别在于miRNA是微小RNA，长度较短，约20~25个核苷酸；lncRNA是长链非编码RNA，长度较长，长度一般大于200核苷酸，circRNA是环状RNA，一般呈环状存在。

对于miRNA和lncRNA来说，它们的长度不同决定了针对它们研究的难易程度不同。另外，现有的针对三种RNA的研究程度不同，这决定了在具体的研究机制上可能不同，研究所用实验方法的选择也有所区别。下面我们就来具体分析分析，它们究竟哪儿不一样。

1. 研究所用数据库不同

这个最easy了。研究什么就得用专门的数据库去搜啊。针对miRNA得用miRbase，针对lncRNA用Noncode，针对circRNA用circBase或者circRNABase。

2. 研究时命名规则不同

miRNA相对来讲，研究较多，也有一套广为人知的命名体系。一个系统命名包含三部分内容，即物种，microRNA类别，序号。三者间用短线连接。物种一般用三个小写字母表示，如hsa,mmu和rno分别代表人，小鼠和大鼠。MicroRNA类别是指所命名的microRNA是pre-miRNA还是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示，mature miRNA用miR表示。序号为一阿拉伯数字，c先后。一般而言，数字越小，发现越早。

那么，对于lncRNA和circRNA来说，目前还没有一个既定的命名规则，简单来说，如果你新发现了一个lncRNA或者circRNA，那你想给它取什么名字都可以，只要别和其他的重复就可以了。当然，你也可以考虑它和疾病的关系，生物学功能，基因上下游关系等等来给它命名。

3. 研究物种选择需谨慎

miRNA一般物种保守性较好，就是说，在人和鼠上，都是同一个序列，可以做鼠的实验，来推测在人身上的功能。circRNA 的表达水平具有种属、组织、时间特异性，序列保守性比一般的线性lncRNA 高，和miRNA一样，可以用同一个序列去研究人和鼠。而lncRNA，物种的保守性就比较差一些了。这个时候就要谨慎了，如果你研究的是已知的lncRNA，那你需要上网查查它的保守性，如果是未知的，你需要自己探讨一下它的保守性。

4. 研究方法选择不同

miRNA较短，稳定性好，不易被破坏。针对它的表达，可以选择Northern印迹法，微点阵分析和荧光定量PCR。lncRNA长度较长，做Northern印迹的难度较大，一般选用荧光定量PCR或者荧光原位杂交。circRNA和lncRNA一样，一般选用荧光定量PCR或者荧光原位杂交。毕竟荧光原位杂交图又好看又上档次，还能显示出RNA的亚细胞定位，是在胞浆还是在核里。但是做miRNA一般不做定位，因为miRNA就是成熟的miRNA了，它是从pri-miRNA到pre-miRNA到miRNA，这两步加工，已经从核内转移到了胞浆里了。

研究RNA时，常常需要进行过表达和沉默操作。miRNA 很小，转染操作较方便，过表达的时候可以用mimics（模拟物），沉默的时候可以用inhibitor（抑制物）。用质粒或者病毒都可以达到稳定转导的效果。但是，对于lncRNA和circRNA就不一样了。核定位的 lncRNA 如果用 RNAi 技术，可能效果是很差的，因为 RNAi主要在细胞浆发挥作用。替代的方式可以用 CRISPR 基因编辑技术，直接把lncRNA 的基因给knockout。这里需要注意的一点是，circRNA是环状RNA，虽然在研究手段和机制上面，大多和lncRNA相类似，已知的circRNA作用模式也和某些lncRNA一样，通过分子“海绵”的模式与miRNA结合来发挥作用的，但是它需要论证成环的问题。

5. 研究热度不同

这三种RNA，目前研究得最为深入的应该是miRNA了，当然这也意味着它已经渐渐退出了历史舞台，成为了有点“过气”的明星分子。当前的研究，lncRNA算是红到发紫，一篇肿瘤相关的lncRNA研究，要是做得稍微细致一些，5分以上很常见。那circRNA算是新秀了，可能正在各个实验室里酝酿，谁先有突破性的进展，谁就可以占领高地，先发制人。虽然，能把无人攻克的难题拿下的才是大牛，但我们大多数，还是时代的弄潮儿，赶着热点往前走，这会儿要是你赶不上lncRNA的热度了，不妨考虑考虑circRNA，紧跟时代脚步走，别人发Science, Nature, Cell，咱主刊发不了，奔着子刊努努力呗~

最后，说了这么多的不同点，咱们也说说相同点，第一就是，这三个都是RNA，而且，都是非编码的，就是，不需要蛋白水平的验证，有没有感觉实验工作量一下子少了很多？第二，它们既然都是RNA，发挥作用的阶段也就基本固定了，就是转录水平，要么转录前，要么转录时，要么转录后。第三，既然是转录水平发挥作用，也就是，对mRNA起调控作用。

好啦，简单来说，就一句话，如果你也在做miRNA, lncRNA, circRNA研究，还有人这样质疑你，不用反驳，直接把这篇文章甩给他！