刘耀光院士/梁承志研究员合作绘制普通野生稻高质量基因组图谱学术资讯

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普通野生稻（Oryza rufipogon Griff.）是亚洲栽培稻（Oryza sativa）的近缘祖先，生长区主要分布于温暖潮湿的热带、亚热带气候地区，其经过长期的进化和驯化变成了现代的栽培稻。在漫长的进化历程中，野生稻经受了各种不利的自然环境，积累了诸多的优异基因，特别是其丰富的抗性基因，如耐寒、抗虫、耐病、耐涝、耐盐、抗干旱等。因此，挖掘和利用野生稻丰富的遗传资源，对水稻育种和品种改良具有重要意义。一个高质量的野生稻基因组序列图谱，对于高效地克隆野生稻重要的优良基因、品种改良以及研究栽培稻的起源与驯化机制都有重要的意义。然而由于野生稻基因组高杂合度的特点，基于传统的鸟枪法二代测序技术难以获得高质量的基因组图谱。
普通野生稻IRGC106162的植株表现Science China Life Sciences 在线发表了华南农业大学刘耀光院士团队和中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队合作完成的研究论文，题为“A chromosome-level genome assembly of the wild rice Oryza rufipogon facilitates tracing the origins of Asian cultivated rice”，报道了普通野生稻高质量的基因组序列。

研究人员利用Illumina、PacBio、BioNano和Hi-C等技术，对一株来源于老挝的普通野生稻（IRGC106162，由国际水稻所提供）进行了测序，并基于梁承志研究员团队开发的单分子测序的高质量组装软件HERA获得了染色体水平的基因组序列，其contig N50和scaffold N50分别达到了13.2 Mb 和20.3 Mb。该基因组大小约为399.8 Mb，包含了36,520个蛋白质编码基因，其中49.37%为重复序列，其中以长末端重复的转座子最为丰富。通过比较基因组学和进化分析，揭示了普通野生稻和亚洲栽培稻（包括粳稻和籼稻）的基因组具有较强的共线性，但存在着大量的遗传变异（包括单核苷酸多态性和结构变异）。在进化上，野生稻IRGC106162偏向为籼稻的近缘祖先。该高质量的普通野生稻基因组的完成，丰富了当前的水稻基因组图谱库，为挖掘野生稻遗传资源提供了重要的序列信息。

染色体级别的普通野生稻基因组图谱华南农业大学刘耀光院士团队的谢先荣博士、中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队的杜会龙博士为论文共同第一作者，刘耀光院士和梁承志研究员为共同通讯作者。该研究获得了广州市科技计划重点项目、广东省基础与应用基础研究重大项目和国家自然科学基金的资助。野生稻基因组的序列及注释数据下载连接：http://www.ygliulab.club/wildrice/
文章信息：[点击下方链接或“阅读原文”可获取全文] Xie, X., Du, H., Tang, H., Tang, J., Tan, X., Liu, W., Li, T., Lin, Z., Liang, C., and Liu, Y.G. (2020). A chromosome-level genome assembly of the wildrice Oryza rufipogon facilitates tracing the origins of Asian cultivated rice. Sci China Life Sci 63, https://doi.org/10.1007/s11427-020-1738-x

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