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科技工作者之家 2021-03-14
来源:植物科学最前沿
草莓是多年生草本植物,蔷薇科草莓属。草莓因芳香多汁、营养丰富受到人们的喜爱,在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体(Fragaria×ananassa,8n=56),基因组复杂,杂合度高。2019年,Nature Genetics杂志发表了利用三代测序数据组装的高质量栽培草莓v1.0版本基因组(Edger et al., 2019),极大地促进了草莓和其它蔷薇科植物的基因组学、分子生物学以及遗传学研究。然而,由于基因组注释时使用的转录组数据较少,仍存在基因组的注释准确度、完整度低等问题。
近日,Horticulture Research在线发表了湖北省农科院题为Reannotation of the cultivated strawberry genome and establishment of a strawberry genome database的研究论文。该研究利用作者前期开发的基因组注释流程,结合Illumina和PacBio全长转录组测序技术的优势,对栽培草莓的基因组进行重注释,显著地提升了栽培草莓基因组注释的完整度和准确度,获得栽培草莓基因组注释新版本v1.0.a2。Fig. 2: Comparison of v1.0.a1 and v1.0.a2 annotations.
本文第一作者为刘甜嘉博士,湖北省农科院艾小艳博士和香港中文大学李永平博士为共同通讯作者;此外,马里兰大学的刘重持教授和博士研究生李木子也参与该研究。
相关工作得到了国家自然科学基金(31601743),湖北省农业科学院青年人才培养计划(Q2018027),湖北技术创新重大专项(2018ABA071),美国国家自然科学基金(IOS 1444987)和美国农业部基金(NIFA 11889048)的支持。
原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyOTY2NDYyNQ==&mid=2247510276&idx=4&sn=8fd741395fa30582e0948e4fb842c89d
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