《中国生物化学与分子生物学报2020年第10期推荐文章

科技工作者之家 2020-11-05

来源:中国生物化学与分子生物学报web


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编者按  液-液相分离是众多胞内无膜颗粒动态组装的主要驱动力。近年来随着相分离相关研究不断涌现,新的相分离蛋白质层出不穷,涉及多种重要的胞内无膜颗粒及生物学过程。为此,我们邀请李婷婷副教授解读胞内无膜颗粒的形成机制与生物功能。李婷婷团队在过去数年中收集整合相分离蛋白质信息,构建了包含体内外实验验证的液-液相分离蛋白质数据库PhaSepDB,构建了相分离与无膜细胞器相关疾病数据库MloDisDB,并创建深度神经网络DeepPhase预测潜在的相分离蛋白质。本文旨在通过系统阐述胞内无膜颗粒的性质与功能,呼吁研究人员利用数据资源推动胞内无膜颗粒的相关研究。


无膜颗粒与生物大分子液-液相分离:形成机制、生物功能及数据资源

陈韬宇#,雷颀#,李婷婷*
(北京大学医学部基础医学院生物信息学系,北京 100191)


摘要 为了保证细胞内各种生化反应和调控过程的有序进行,细胞内存在一系列隔室将不同的生物分子分隔开来。这其中除了有膜细胞器,还存在一类无膜细胞器或无膜颗粒,使得具有特定功能的蛋白质和核酸在不同无膜颗粒中聚集,保证相应生化过程在特定时空条件下高效进行。大量的研究证据表明,液-液相分离(liquid-liquid phase separation, LLPS)是介导胞内无膜颗粒凝聚形成的重要机制。本文首先围绕相分离介绍了胞内无膜颗粒的形成机制;进一步总结部分胞内无膜颗粒的功能,以及相分离在其行使生理功能时发挥的重要作用;最后总结相分离数据库及其所常采信的实验方法,期望通过对胞内无膜颗粒形成机制、生物功能及相分离数据资源的总结,为初入领域的科研工作者提供参考,并推进高通量方法在相关领域研究的应用与发展。
关键词  胞内无膜颗粒;液-液相分离;数据库

作者简介   
李婷婷,北京大学基础医学院副教授、博士生导师,清华大学生物信息学博士,主要研究方向为生物大分子凝聚体组成及动态调控的计算解析。在Nucleic Acids Research,Cell Research,Nature commutations等期刊发表SCI论文43篇,其中近五年以通讯作者或第一作者(含共同)在Nucleic Acids Research,Cell Research,Briefings in Bioinformatics,EBioMedicine和Bioinformatics等期刊发表论文13篇。论文被SCI他引次数共计1 091次,其中以通讯作者发表的单篇论文最高被引100次,H因子20。作为课题负责人承担国家重点研发计划蛋白质专项,作为负责人承担国家自然科学基金4项,作为骨干参加973计划等国家级课题2项。担任中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会委员、中国计算机学会生物信息学专委会委员、中国生物工程学会青年工作委员会委员、第一届生物物理学会生物大分子相分离与相变分会理事。


来源:CJBMB-web 中国生物化学与分子生物学报web

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