新鲜出炉！解读2019最新ACMG拷贝数解读和报告标准

来源：生物探索

2019年11月6日，美洲医学遗传学会（ACMG）和由美国国立卫生院专门资助的跨国个体化医疗数据中心项目（ClinGen）共同发布了胚系DNA拷贝数解读和报告标准。趁着这个周末，文大夫为大家分享一下阅读这份标准的一些心得。 

这份标准是基于2011年胚系DNA拷贝数分析标准的一个更新。新老两个《标准》都发表在Genetics in Medicine 杂志（ACMG的官方杂志）上，这两篇标准都可以免费下载，希望有需要的读者们有时间还是仔细阅读原文。 

制定这种标准主要的目的是为了让不同的临床实验室的拷贝数解读和报告尽可能建立在同样的客观性比较强的标准上。目前芯片分析拷贝数变异的平台有不少建在医院内部，由比较小的团队完成的，解读团队比较小，生物信息方面的支持也相对有限，造成之前的解读报告经常会比较不规范，信息比较少，结论也很模糊，为临床医生的临床决策增加了难度，为患者家庭增加了不必要的临床风险，文大夫觉得在这个时候有这么一个新的行业标准对于整个行业都是一个好消息。 

和2011版相比，这个2019版的《标准》有很多显著的细化和量化。文大夫认为比较显著的有以下几点：

将致病性由三个标准改为Pathogenic, likelypathogenic, VUS, likely benign 和benign五类，这和2015年ACMG发布的SNV的评分标准的分类[https://www.nature.com/articles/gim201530]就一致了，这也是这个指南的一个目的，将拷贝数与SNV的分析更好地统一起来。

将拷贝丢失和拷贝获得 分别建立了打分系统。这是应该是个更合理的区分方法。毕竟拷贝数获得和丢失 往往是通过非常不同的分子机制导致疾病的，打分的时候夹杂在一起很容易混淆。

引入了非常量化的打分体系，而且可以进行分数加减，支持的证据加分，不支持致病性的证据减分，最后根据总分判断(0.99分以上为致病)。这是之前SNV标准，或者几个月前在同一杂志上发表的肿瘤DNA拷贝数分析标准[https://www.nature.com/articles/s41436-019-0545-7.pdf]都没有使用过的。

打分体系中大量引入了与分子遗传知识有关的评价标准。例如，

a. 将拷贝数变化涉及到的基因数量作为打分标准之一

拷贝数丢失：涉及基因个数按 0-24,25-34,35+分为三档

拷贝数获得：涉及基因个数按 0-34,35-49,50+分为三档

 b. 拷贝数缺失部分的2A-2C中对于缺失涉及到的基因的具体位置做了非常细致的区分：有编码区缺失算0.45-1分，只涉及5‘UTR算0-0.45分，涉及到最后一个外显子并且该外显子里有报道过的致病变异算0.45-0.9分，涉及到最后两个或更多外显子（理论上引起RNA降解）算0.45-1分等等。

c. 拷贝数缺失部分的2A-2C中明确提出了需要根据缺失的基因是能通过“单倍剂量不足”（haploinsufficency）致病。

 这一方面要求我们做CNV分析的人员要尽可能从技术上明确断裂点的位置，一方面也需要很多的分子遗传学知识和数据库支持（起码要知道哪些基因通过“单倍计量不足”致病），可以说拷贝数和SNV的分析已经互相深度嵌入了。这对生信能力不强的小型的遗传实验室是一个技术挑战。但是从另一个角度，临床医生如果拿到的检测报告能根据这样详细的标准打分，接下来对患者的处理应该出现明显偏差的可能性会大大下降。
评分标准里还有一部分专门根据  拷贝数变异涉及的基因  的已知表型和  受检患者的表型  是不是符合  来打分。这也正好提醒了我们的一线临床医生，在送检 拷贝数分析（当然更包括全外等SNV分析）时应该尽量地提供详细和准确的临床信息。文大夫发现还是有很多临床医生对遗传病相关的表型了解甚少，这也明显影响了解读人员对变异判断的准确性，我觉得这方面是很需要医生们主动加强一下学习的。

这份标准还强调了一个早已经有的，但是有些同行还不太了解的规则：“遗传学诊断”和“临床诊断”是两个概念，两者在一个患者身上是可以不一致的，但是最终的临床处理应该以临床诊断为最终诊断和治疗的标准。打个比方一个患者可以携带一个理论上致病的SMN1基因纯合缺失，也就是说患者有“SMN1基因致病性纯合缺失”的遗传学诊断。但是这个患者完全可能终身都不会有脊肌萎缩症的临床诊断，比如说可能这个患者有很多个SMN2基因拷贝能够弥补SMN1的功能，使患者终身不发病，自然也就不需要相关的治疗。反过来说，一个患者可能临床上就是非常明确的脊肌萎缩症，但是基因检测可能就是没法获得肯定的遗传学诊断，这可能是基因内含子、启动子区、甚至DNA甲基化等普通技术看不到的变异造成的。但是，这个时候临床医生仍然可以根据临床信息全面分析并下脊肌萎缩症的临床诊断，甚至可以考虑使用修复SMN1基因功能的药物进行治疗，这样并不违背临床遗传学的原则。

 这份标准和其他的标准一样，肯定是不可能囊括所有的情况的。更别说我们每天都在发现人类基因组一些以前根本不了解的新知识。根据文大夫的了解，很多经验比较丰富的遗传实验室在分析SNV的时候都有自己的内部规则，这份指南也提到了这一点，认可各实验室有自己的规则，只要在报告时说明一下即可。

 此外，文大夫没有在这份标准里看到关于杂合性丢失（Absence of Heterozygosity, AOH）相关的内容。这个也是可以理解的，其实任何一个人的基因组可以说绝大部分碱基都是AOH的状态，平均几百个碱基才会有一个杂合SNP，其余碱基可以说都是AOH。这说明AOH本身并不致病，除非它背后有隐性纯合致病变异，或者有印记基因的单亲二倍体等问题。文大夫听说过有医生仅仅因为看到胎儿羊水报告里写着有一小段杂合性丢失，就建议孕妇去引产的奇闻，所以在这里额外提一下。不过我想文大夫的读者们应该都是遗传学专家，不会出现这样的低级错误。从另一个角度，这也是提醒我们的报告解读者在报告杂合性缺失时要十分谨慎，不是和临床非常相关（比如提示在疾病相关印记基因附近有单亲二倍体）时报AOH不一定要写到报告上。