贵州中医药大学杨教童与中国农业大学苏震课题组联合构建金银花功能基因组数据库学术资讯

金银花是我国重要的药用植物之一，因其具有清热解毒、疏散风热等功效，在中国已经有上千年的药用历史。现代研究发现金银花还具有抗病毒、抗炎、抗肿瘤和抗氧化等多种重要药理功效，此外，其在食物、化妆品和健康产业中也具有重要的开发和利用价值。近些年来，高通量测序技术广泛应用于生命科学研究领域，使得金银花染色体水平的基因组在2020年被解析出来，并产生了大量的基因资源。将这些基因资源进行整合可为研究人员开展基因功能研究提供大量有价值的信息，进而为将来开展金银花优良品种的研发提供一定的帮助。

JIPB近日在线发表了贵州中医药大学杨教童和中国农业大学苏震课题组合作的题为 “LjaFGD: Lonicera japonica functional genomics database”（https://doi.org/10.1111/jipb.13112）的研究论文。该研究通过整合公共平台金银花基因组数据信息、转录组数据信息，构建了基因共表达网络，进而搭建了金银花功能基因组数据库（链接：www.gzybioinformatics.cn/LjaFGD和bioinformatics.cau.edu.cn/LjaFGD），并在数据库中融合了多种工具用来分析和挖掘金银花的基因功能，包括BLAST比对工具、基因集富集分析工具、顺式作用元件富集分析工具、热图分析工具和基因组浏览器JBrowse工具。

金银花功能基因组数据库结构框架

该研究共整合了77个金银花转录组数据，构建了金银花基因共表达网络，并参考公共数据库信息对金银花基因进行功能注释。通过已构建的共表达网络分析发现MYB和WRKY转录因子家族基因同金银花绿原酸和木犀草素生物合成过程中的关键酶基因存在共表达关系，而进一步通过顺式作用元件富集分析发现MYB和WRKY家族基因可能结合到这些关键酶的启动子区。这些分析表明MYB和WRKY家族转录因子可能参与调控金银花绿原酸和木犀草素生物合成过程。此外，通过构建的金银花功能基因组数据库对LjFLS1基因进行综合分析，向读者展示了该数据库的使用方法，为后续相关研究人员运用该数据库开展基因功能分析提供重要参考。

贵州中医药大学青年教师肖巧巧博士为该论文的第一作者，贵州中医药大学青年教师杨教童博士和中国农业大学苏震教授为该论文的共同通讯作者，该研究得到了国家自然科学基金和贵州中医药大学博士启动基金的资助。

来源：植物科学最前沿

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