癌症研究利器，中科院昆明动物所张亚平等人开发可传播的肿瘤基因组学术资讯

来源：iNature

Cell Res | 癌症研究利器，中科院昆明动物所张亚平等人开发可传播的肿瘤基因组

2019年6月3号，中国科学院昆明动物研究所张亚平等人在Cell Research杂志在线发表题为“Canine transmissible venereal tumor genome reveals ancientintrogression from coyotes to pre-contact dogs in North America”的letter，该文章开发了一种可传播的肿瘤基因组，同时发现CTVT-基因型-单态位点可以极大地帮助癌症进化研究。

犬传染性性病肿瘤（CTVT）是已知最古老的体细胞系，其在交配过程中可以从宿主的癌细胞传播到其他犬科动物. 近些年CTVT不断的研究表明来自古代宿主的活细胞可以在犬科动物之间传播。然而，之前的研究可能没有考虑到CTVT样本的基因分型方法中的几个潜在偏差，而且CTVT的遗传祖系仍然是未知的。为了解决这些偏见和未知问题，研究人员收集了新的CTVT样本和现代犬科动物，并使用了新开发的工具和精细的分析策略，研究人员通过对在中国昆明收集的两个新的CTVT样本进行了测序，并包括比对来自澳大利亚，巴西，和冈比亚的三个先前发表的CTVT样本的WGS数据，总之通过分析四大洲的这五种CTVT发现能够排除谱系特异性的体细胞突变。

由于染色体不稳定性被认为是CTVT肿瘤发生中的主要体细胞突变类型，因此拷贝数变异（CNV）谱是确定局部位点基因型所必需的。因此，杨等人开发了一种可传播的肿瘤基因组（ttgeno），这是第一个专门设计用于分析配对的传染性肿瘤及其宿主的WGS数据的基因分型工具，以获得肿瘤的每位点等位基因拷贝数。该工具同时考虑了宿主和肿瘤的倍性、污染、局部拷贝数状态以及肿瘤中的小插入缺失，并且去除了亚克隆因子，因为之前的研究表明CTVT几乎是同质的。

基因分型的CTVT基因组由不同突变的混合物组成，包括系统错误，由祖系遗传的等位基因，谱系特异性体细胞突变和早期的体细胞突变。假设CTVT的单一来源，可以使用多个世界范围的CTVT样品将1个谱系特异性体细胞突变与基因型 - 多态性突变区分开。也就是说，由祖系遗传的等位基因和早期的体细胞突变应该是CTVT样品中的基因型-单态的。研究人员从地理上分散的CTVT样本推断CTVT祖系是PCD的有用的高质量代表， CTVT-私人基因型-单态位点将极大地帮助癌症进化研究，更重要的是，从CTVT样本中的基因型 -单态位点提取CTVT祖系基因组对于犬群研究是非常宝贵的。

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41422-019-0183-2

来源：Plant_ihuman iNature

原文链接：http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU3MTE3MjUyOA==&mid=2247501743&idx=5&sn=5f31ca99ec7e2363f2c801c05bea775a&chksm=fce6b470cb913d66a93b4dc4e64fbfac494aa9666e94cbfe4aaaf467f6f6e320e3bca20fe55b&scene=27#wechat_redirect

电话：（010）86409582

邮箱：kejie@scimall.org.cn