蛋白质体外液液相分离数据库(LLPSDB) 学术资讯

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细胞内的生物大分子从均一的细胞质中浓缩成独特的液相结构，形成无膜细胞器（Membraneless Organelles, MLO），例如核仁(nucleolus)、应激颗粒(stress granule)、P颗粒（P body）等。实验证实这些无膜细胞器是通过生物大分子液-液相分离（Liquid-liquid Phase Separation, LLPS）形成的。越来越多的实验表明LLPS在生命体的正常代谢和疾病过程中都发挥着非常重要的作用，也因此逐渐成为生物学研究的热点之一。

随着生物体系LLPS相关文献报道的快速增长，人们发现越来越多的蛋白质参与相分离的发生，相关发生机制也研究的越来越深入。影响生物分子浓缩液相形成的因素一方面和核酸及蛋白质序列性质，如突变、翻译后修饰、氨基酸序列组成和分布形式有关，另外也受到体系微环境，比如温度、蛋白质浓度、pH值、盐浓度、压力等的调节。

为了帮助更系统的理解生物分子LLPS的发生机制和生物学功能等，近日，来自中国科学院大学生命学院的张竹青课题组在Nucleic Acids Research杂志上发表了文章LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro，收集了目前文献报道过的所有能在体外发生LLPS的蛋白质信息及其相分离相关实验条件，经过系统的分类整理和注释，发布了目前首个专门研究蛋白质体外LLPS的数据库（Liquid-liquid phase separation database, LLPSDB）。

LLPSDB的数据结构

LLPSDB目前包含了273种相关蛋白和1175个相变体系，涉及2394个具体的相变条件。通过网站(http://bio-comp.ucas.ac.cn/llpsdb或http://bio-comp.org.cn/llpsdb)，用户可以对数据库进行浏览、查询和下载。LLPSDB为促进相关预测工具的开发提供了数据基础。

中国科学院大学生命学院硕士生李倩和彭小珺为论文共同第一作者，张竹青为论文通讯作者，华东师范大学戚逸飞参与了讨论合作。

原文链接：

https://doi.org/10.1093/nar/gkz778

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