17,556份大豆材料的meta-GWAS助力大豆数量性状基因定位学术资讯

来源：植物科学最前沿

大豆是世界重要的油料作物，其对应的农艺性状也是众多科研人员关注的焦点。全球范围内已经产生了大量的大豆基因组测序数据，这些基因组数据提供了非常可观的遗传信息，可供挖掘。

近日，来自美国爱荷华州立大学和伊利诺伊大学的研究人员整合了一个包含17,556份大豆种质资源群体的遗传信息。这些种质资源来自73份已经发表的研究报告和论文。他们合并了这些论文报告中的遗传信息，整合了美国农业部大豆种质中心（USDA soybean germplasm collection）20,087份材料的50K芯片数据，作为初步的数据集。为了确保数据集的可靠性，作者首先进行了严格的标记筛选，在1000份以上的材料中都能鉴定到的变异位点，才会被保留。进一步，作者利用单环境和多环境下的de novo GWAS以及meta-GWAS，再次进行了关联分析，关联的性状包括：脂肪酸，氨基酸组分，抗病性状，产量，株高，抗倒伏性，粒重，粒斑，花期，落粒等（表1）。

表1：相应农艺性状的统计展示

通过关联分析，作者初步筛选到了483个QTL，其中393个是全新的位点。在这些位点中，作者进行了更为严格的阈值定义，最终获得了66个候选基因，17个参与调控农艺性状，19个参与调控种子性状，33个基因参与调控抗病性（图1）。这些基因中有一些是一因多效的，并且和之前的报道相一致，表明关联结果可信。

图1：QTL及候选基因在染色体上的位置

以上大尺度的分析可以为大豆的性状改良提供足够多的遗传信息，值得重视，相关结果已于2020年10月17日以预印本的形式发表在BioRXIV上。

来源：frontiersin 植物科学最前沿

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