生命学院宁康教授团队微生物亚种识别方法研究取得新进展学术资讯

内容来源：华中科技大学新闻网

　　新闻网讯（通讯员谭重阳）10月5日，牛津大学出版社(Oxford University Press)出版的《Bioinformatics》（2017年影响因子5.481）在线发表了生命学院宁康教授团队的微生物亚种识别方法Strain-GeMS（https://github.com/HUST-NingKang-Lab/straingems）。

　　生命学院宁康教授为通讯作者，生命学院硕士生谭重阳和南开大学讲师崔巍为共同第一作者。在已亚种鉴定方法ConStrains的基础上，该团队通过完成Multi-GeMS与SNP-flow, PAM等的整合，提供了一个更为准确的微生物亚种识别方法。在模拟数据上将Strain-GeMS与其他一些已有方法ConStrains，Midas，Sigma做了比较，验证了其亚种识别的准确性。同时将Strain-GeMS应用到哈扎人肠道微生物数据上，揭示了亚种出现规律的季节性变化。

　　据了解，人类的许多疾病都与单个微生物或者一组微生物有关，如Ⅱ型糖尿病(T2D)，肥胖症，癌症和一些免疫相关的疾病。同一物种内的不同菌株可能对人类健康产生完全不同的影响。例如，Escherichia coli O157:H7是一种高毒力大肠杆菌菌株，而大肠杆菌中的大多数其他菌株不是致病的。将亚种识别应用到人体肠道和各种环境微生物群落的分析上，将会使我们对不同环境下的微生物亚种存在情况，对亚种的地理分布、主导性与持续性产生全新的认识。通过对某些特定致病菌株的鉴定，还可以把亚种识别应用到流行病监测和医学诊断上，更好地服务于人类健康。

　　文章链接：https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/bty844/5116146?searchresult=1

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