东北林业大学王玉成团队利用反向CHIP技术分离基因上游调控因子学术资讯

来源：植物生物学

DNA-蛋白质相互作用包括一个重要的细胞过程，在多种生物功能中发挥重要作用。例如转录调节、转录和DNA复制、翻译、修复、包装、限制和重组。转录因子(TF)可以通过与基因组顺式调控DNA元件相互作用来激活或抑制基因的表达。因此，转录因子与调控基因组DNA之间的相互作用在基因表达调控中起主要作用，是基因调控网络的主干。因此，要揭示基因表达的调控机制，识别其上游调控因子是很重要的。

近日，东北林业大学王玉成团队在期刊“communications biology”上发表文章“ReverseChromatin Immunoprecipitation (R-ChIP) enables investigation of the upstreamregulators of plant genes”，团队开发了一种从特定的甲醛交联染色质或DNA区域捕获蛋白质并使用质谱分析(MS)鉴定这些蛋白质的方法。利用该方法分离出与拟南芥AtCAT3基因(编码过氧化氢酶3)启动子区域结合的蛋白。这项技术称为反向染色质免疫沉淀(R-CHIP)。

利用R-CHIP，研究团队鉴定了439个可能与拟南芥AtCAT3(AT1G20620)基因启动子结合的蛋白质。根据功能注释，我们从这些候选基因中随机选择了5个转录因子，包括bZIP1664、TEM1、bHLH106、BTF3和HAT1，以验证它们是否确实与AtCAT3启动子结合。用染色质免疫沉淀、实时荧光定量PCR和电泳迁移率改变实验证实了这5种转录因子的结合。此外，我们利用瞬时导入目的DNA的植物对R-Chip方法进行了改进，该方法不需要T-DNA整合，并表明这大大提高了蛋白质捕获效率。这些结果表明，R-CHIP在鉴定染色质组成和分离特定基因的上游调控因子方面具有广泛的应用前景。