Nature子刊：详解新冠病毒为何被并命为SARS-CoV-2

来源：BioWorld

3 月 2 日，国际病毒分类委员会冠状病毒研究小组（CSG）在《自然 - 微生物学》发表新型冠状病毒的命名声明，描述了新型冠状病毒的命名方法和过程，并介绍病毒分类中的常见问题。

作者强调，新型冠状病毒（SARS-CoV-2）名称中的 SARS 是为了突出它们与原始病毒在演化上的关系，而不是临床疾病层面的关系。

SARS-CoV-2 现有的有限流行病学和临床数据表明，其疾病特点和传播方式与 SARS-CoV 报告的不同，应将 SARS-CoV-2 与 2002 至 2003 年 SARS-CoV 区别对待。

为了更好的理解，作者将病毒分类与人类分类进行对比。作者称，目前已知的严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒，可能与代表智人的少数个体一样，代表着某一特定物种。也就是说，SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 是严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种的代表，而玛丽・居里和阿尔伯特・爱因斯坦是智人的代表。

上述声明文章题为《严重急性呼吸综合征相关冠状病毒：为 2019-nCoV 分类并命名为 SARS-CoV-2》（The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2）。

声明文章中，CSG 将新型冠状病毒与已知冠状病毒的遗传相关性进行了评估，并详细说明命名该病毒为 「严重急性呼吸综合征冠状病毒 2（SARS-CoV-2）」 的基础。

病毒和病毒种类的分类和命名

历史上，与特定病毒相关的疾病和宿主范围是定义病毒的两个关键特征。

然而，病毒的宿主可能是不确定的，病毒的致病性对于大多数病毒来说也仍然未知。作者认为，基因组序列是绝大多数病毒已知的唯一特征，应该用它来定义特定的病毒。

基于系统发育的推理方法命名新型冠状病毒

定义病毒的新颖性是病毒分类的课题之一。RNA 病毒的分类需要考虑其固有的遗传变异性，该特性往往导致两个或多个基因组序列不完全相同但相似的病毒被视为同一病毒的变种。

这种现象给研究人员提出了一个问题：与现有的病毒群（group）差异达到多大，才足以将候选病毒识别为新的、不同病毒群的成员？

研究人员一般通过评估候选病毒与已识别病毒的相关程度来回答此问题。这一点在病毒分类法的官方分类框架内写明，并由国际病毒分类委员会（ICTV）监督和协调。

ICTV 为每个病毒科设立并维持一个研究组。研究组负责为病毒分配分类单元，如亚属（subgenera）、属（genera）和亚科（subfamilies）。

建立一个通用的病毒命名法是 ICTV 成立 50 多年前的主要任务之一。在病毒分类法中确定种等级（species rank）之后，ICTV 的病毒命名职责转移到命名和建立种（species）上。ICTV 研究组还可以以个案为基础参与病毒命名，以此作为其官方职权范围的延伸，并利用其成员的特殊专业知识。

定义 SARS-CoV-2 在冠状病毒科中的位置

冠状病毒的研究人员曾多次面临这样的问题：当出现一种会导致人类患上严重甚至致病疾病的病毒时，需要确定它是属于现存种，还是新的（尚未建立的）种。SARS 和中东呼吸综合征（MERS）发生时都出现了这种情况。研究人员都从基于基因序列的分类方法中获得信息，为病毒分类。

作者介绍，目前的冠状病毒分类法可以鉴定出 39 个冠状病毒种（species），27 个亚属（subgenera），5 个属（genera）和 2 个亚科（subfamilies）。它们都属于核糖病毒域（realm Riboviria），Nidovirales 目，Cornidovirineae 亚目，冠状病毒科。

科的分类和具体方法由 CSG 负责，他们通过比较新病毒与已知病毒在分类中的关系来评估新病毒的位置，包括确认 SARS-CoV 的位置。

冠状病毒的系统发育树

为命名新型冠状病毒，作者评估了该病毒与已知冠状病毒的遗传相似性。通过对比基因组数据，特别是分析参与病毒复制的保守蛋白的变异，他们发现，新型冠状病毒与严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种（Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus）的病毒属于同一簇。

在新颖性方面，SARS-CoV-2 不同于另外两种人畜共患冠状病毒 SARS-CoV 和 MERS-CoV。

此前，CSG 分别确定 SARS-CoV 和 MERS-CoV 为 betacornavirus 属中两个新非正式亚群的新种原型。这两个非正式亚群最近在病毒分类中被确定为 Sarbecovirus 和 Merbecovirus 亚属。作为新种中最早被发现的病毒代表，研究人员为这两种病毒引入了独特的名称。

但 SARS-CoV-2 的情况与此不同，鉴于遗传学上的关联，它被划分给现有的严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种，而不是另立新种。

应将 SARS-CoV-2 与 SARS-CoV 区别对待

严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种含有几百个已知病毒（主要分离自人体和蝙蝠），所有这些病毒的名字全部源自 SARS-CoV。作者解释道，这些病毒名字中的 SARS 是为了突出它们与这一原始病毒在演化上的关系，而不是临床疾病层面的关系。

根据严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种中病毒命名的惯例，以及新型冠状病毒与系统发育树中原型 SARS-CoV 的相对距离关系和距离空间，CSG 选择了 SARS-CoV-2 这个名称。

作者称，SARS-CoV-2 现有的有限流行病学和临床数据表明，其疾病特点和传播方式可能与 SARS-CoV 报告的不同，应将 SARS-CoV-2 的暴发与 2002 至 2003 年 SARS-CoV 的流行区别对待。

他们也强调，这两个病毒在遗传学上非常相似，建议对同种病毒之间的联系展开研究，以更好地理解这些人类病原体以及它们感染蝙蝠等动物的冠状病毒近亲的生物学和演化。

冠状病毒分类法（与人类对比）

为了更好的理解，作者将病毒分类法与人类进行对比。作者称，目前已知的与严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒，可能与图中代表智人（H. sapiens）的少数个体一样，代表某一特定物种。也就是说，SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 是严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种的代表，而玛丽・居里和阿尔伯特・爱因斯坦是智人的代表。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41564-020-0695-z