碟中谍，非编码序列的缺失，调出了一个未注解的基因，其对于肠道功能至关重要学术资讯

来源：iNature

原标题：Nature | 碟中谍，非编码序列的缺失，调出了一个未注解的基因，其对于肠道功能至关重要

大规模基因组测序有望大大提高疾病相关突变的发现率，但这种突变的功能解释仍然具有挑战性。先天性腹泻病是消化系统遗传性疾病，如果不治疗则常常危及生命，对于其发病机制不是很清楚。

2019年6月19日，加州大学伯克利分校Len A. Pennacchio，以色列特拉维夫大学Yair Anikster及魏茨曼科学研究所分子遗传学系Doron Lancet共同通讯在Nature 在线发表题为“Noncoding deletions reveal a gene that is critical for intestinal function”的研究论文，该研究显示人类16号染色体上的序列【肠道关键区域（ICR）】的缺失，是导致婴儿难治性先天性腹泻的原因。转基因小鼠中的报告分析显示ICR含有在胃肠系统发育期间激活转录的调控序列。小鼠中ICR的靶向缺失重现了人类病症的症状。转录组分析显示，未注释的开放阅读框（Percc1）位于调控序列的侧翼，并且该基因的表达在缺乏ICR的小鼠的发育中消失。 Percc1敲除小鼠显示出与小鼠和患者中ICR缺失时观察到的表型类似，而ICR驱动的Percc1转基因足以拯救在缺乏ICR的小鼠中发现的表型。

总之，该研究结果确定了一种对肠道功能至关重要的基因，并强调需要进行有针对性的体内研究，以解释不会影响已知蛋白质编码基因的临床遗传发现。

与全外显子组测序（WES）相比，全基因组测序（WGS）原则上可以识别非编码序列中的突变，以及未在参考基因组中注释的基因。然而，由于缺乏这些区域的结构和功能注释，影响已知基因之外的注释基因的功能研究。

人类和小鼠基因座概述和主要发现

ICR的增强子活性和chr17ΔICR/ΔICR小鼠的表型

该研究显示人类16号染色体上的序列【肠道关键区域（ICR）】的缺失，是导致婴儿难治性先天性腹泻的原因。转基因小鼠中的报告分析显示ICR含有在胃肠系统发育期间激活转录的调控序列。小鼠中ICR的靶向缺失重现了人类病症的症状。转录组分析显示，未注释的开放阅读框（Percc1）位于调控序列的侧翼，并且该基因的表达在缺乏ICR的小鼠的发育中消失。 Percc1敲除小鼠显示出与小鼠和患者中ICR缺失时观察到的表型类似，而ICR驱动的Percc1转基因足以拯救在缺乏ICR的小鼠中发现的表型。

发现了一个位于ICR侧翼的基因Percc1

参考信息：

https://www.nature.com/articles/s41586-019-1312-2

来源：Plant_ihuman iNature

原文链接：http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU3MTE3MjUyOA==&mid=2247502188&idx=5&sn=9e6e98e46788bd5520bdc953d64ec6be&chksm=fce6bab3cb9133a51ad3956eec2b1fab46970e67c4a355c8a347c9cc912d3a754d503561049c&scene=27#wechat_redirect

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