百位研究人员合作，首次绘制出新冠病毒蛋白相互作用图谱，为药物开发设计奠定基础

来源：iNature

原标题：Nature：百位研究人员合作，首次绘制出新冠病毒蛋白相互作用图谱，为药物开发设计奠定基础

2020年4月30日，David E. Gordon等近百位研究人员通力合作在Nature 在线发表题为“A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing”的研究论文，该研究在人体细胞中克隆，标记和表达了29种SARS-CoV-2蛋白中的26种，并使用亲和纯化质谱（AP-MS）鉴定了与每种蛋白物理相关的人类蛋白，从而确定了332种高信度SARS -CoV-2-人蛋白-蛋白相互作用（PPI）。其中，该研究确定了66种可药物化的人类蛋白质或宿主因子（29种FDA批准的药物，12种临床试验的药物和28种临床前化合物）。

在多个病毒测定中筛选这些子集，确定了两套具有抗病毒活性的药理剂：mRNA翻译抑制剂和Sigma1和Sigma2受体的预期调节剂。对这些宿主因子靶向剂的进一步研究，包括与直接靶向病毒酶的药物联合使用，可能会导致产生治疗COVID-19的治疗方案。更广泛地说，该研究代表了一种新的药物发现方法，不仅适用于全病毒策略，而且适用于许多疾病，并说明了使用多学科协作方法推动科学发展的速度。

由于新病例的迅速增加，2019年冠状病毒病（COVID-19）很快引起了全球关注。新型冠状病毒感染被认为是从动物传播的，病原体被鉴定为SARS-CoV-2。到2020年1月，怀疑最初受感染的患者是通过人与人之间的传播感染了该病毒。自2020年1月以来，该病毒已迅速传播到中国大部分地区和其他国家。截至目前（4月30日），据约翰·霍普金斯大学发布的实时统计数据，全球累计新冠肺炎确诊病例超过323万例，死亡人数达22万。

识别SARS-CoV-2宿主蛋白-蛋白相互作用的AP-MS工作流程

迄今为止，尚未开发出可用于SARS-CoV，SARS-CoV-2或MERS-CoV的临床可用抗病毒药物。用核苷类似物依赖RNA的RNA聚合酶（RdRP）抑制剂瑞德昔韦治疗COVID-19的临床试验正在进行中，最近的数据表明，瑞德昔韦可能对治疗实验室动物的SARS CoV-2感染有效。针对宿主病毒的疗法可能会出现持久的广谱治疗模式，在这种情况下，出现突变耐药性的可能性较小。

不幸的是，由于对SARS-CoV-2感染的分子细节的了解有限，因此无法全面评估针对宿主定向疗法的小分子候选药物。该研究试图通过系统地绘制SARS-CoV-2蛋白与人类蛋白之间的相互作用图谱来解决这一差距。

该研究在人体细胞中克隆，标记和表达了29种SARS-CoV-2蛋白中的26种，并使用亲和纯化质谱（AP-MS）鉴定了与每种蛋白物理相关的人类蛋白，从而确定了332种高信度SARS -CoV-2-人蛋白-蛋白相互作用（PPI）。其中，该研究确定了66种可药物化的人类蛋白质或宿主因子（29种FDA批准的药物，12种临床试验的药物和28种临床前化合物）。

SARS-CoV-2蛋白相互作用的全局分析

在多个病毒测定中筛选这些子集，确定了两套具有抗病毒活性的药理剂：mRNA翻译抑制剂和Sigma1和Sigma2受体的预期调节剂。对这些宿主因子靶向剂的进一步研究，包括与直接靶向病毒酶的药物联合使用，可能会导致产生治疗COVID-19的治疗方案。

该研究将宿主定向干预作为一种抗病毒策略的方法克服了与耐药性相关的问题，并且在我们为下一次大流行做准备时也可能提供泛病毒疗法。 此外，扩大了联合疗法的可能性，例如，使用直接靶向病毒的药物（包括瑞德昔韦）。更广泛地说，该研究代表了一种新的药物发现方法，不仅适用于全病毒策略，而且适用于许多疾病，并说明了使用多学科协作方法推动科学发展的速度。

参考消息：

https://www.nature.com/articles/s41586-020-2286-9